进行高企认证的企业的创新主要是自主创新，其特点为自主技术创新不可能在技术的每一个环节上都是创新的，但其中的核心技术或主导技术是由企业依靠自身力量立研究开发而获得的，这是“自主”的含义所在。目标具有率先性，自主创新的技术成果具有占性。知识和能力的支持是创新成功的内在基础和必要条件。自主开发技术的创新模式，主要用于全新创新或重大的突破性技术创新，它需要有很大研究与发展的投入，有较雄厚的技术力量，并有较多的技术积累。在竞争中取得地位时，采取这种模式。
自主创新所具有的优点对高技术企业成长具有重要的意义。一是给予自主创新者的技术垄断地位和保护，自主创新在技术方面就具有了较强的壁垒。二是由于跟进者对新技术的解密、消化、模仿需要一定的时间，发展成为较强的竞争者也需要一定的过程，因此，自主创新企业能在一定时期内占某项产品或工艺的核心技术，使自己在竞争中处于有利地位。
高企认证企业的知识产权通过自主研发、受让、受赠、并购等方式，获得对其主要产品（服务）在技术上发挥核心支持作用的知识产权的所有权；专利有效；知识产权权属人为申请企业；多个权属人的申请高新技术企业及高新技术企业资格存续期内，只能由一个权属人在申请时使用；Ⅱ类专利只能使用一次。
高新技书企业认定对知识产权要求： （一）认定所指的知识产权须在中国境内授权或审批审定，并在中国法律的有效保护期内。知识产权权属人应为申请企业，即使是企业法人代表的个人专利也要办理专利转让手续； （二）认定中，对企业知识产权情况采用分类评价方式，其中：发明专利（含专利）、植物新品种、农作物品种、国家新药、国家保护品种、集成电路布图设计专有权等按Ⅰ类评价；实用新型专利、外观设计专利、软件著作权等（不含商标）按Ⅱ类评价； （三）按Ⅰ类评价的知识产权在申请时，不限使用次数；按Ⅱ类评价的知识产权在申请时，使用一次； （四）在申请及存续期内，知识产权有多个权属人时，只能由一个权属人在申请时使用，其他权属人明确申明放弃使用； （五）申请认定时专利的有效性以企业申请认定前获得授权证书或授权通知书并能提供缴费收据为准； （六）不具备知识产权的企业不能认定为； （七）无证书的专利须拥有授权通知书，且有缴费单据； （八）非的专利，通过受让、受赠、并购等方式获得的知识产权，办理转让手续，经过专利备案，或有国家知识产权局出具的所有权转让； （九）企业的主要产品（服务）与知识产权相关联； （十）企业更名的应提供工商更名，以判断知识产权归属。
固定资产折旧与长期待摊费用3.1难点 固定资产折旧与长期待摊费用摊销，是指为开展研究开发活动购置的仪器和设备以及研究开发项目在用建筑物的折旧费用，包括研究开发设施改建、改装、装修和修理过程中发生的长期待摊费用。3.2应对措施 a.检查固定资产明细账、长期待摊费用明细账；检查申报企业年度新增固定资产及长期待摊费用的、固定资产的申购单、入库单、验收单；实地查看该部分设备，核对资产用途（检查使用说明书等），确定其是否真实存在，是否用于研究开发项目。 b.结合固定资产盘点，核对与研究开发活动相关的固定资产是否账实相符；检查购入时已计入研究开发费用的固定资产，是否单管理，是否存在重复计提折旧的情况。 c.复核各项折旧、摊销的准确性及相关性，关注前后各期折旧政策及方法的一致性d.对属于多个项目使用的，检查分摊方法是否合理，且前后各期是否保持一致，分摊的金额是否正确。
研发费用直接投入核算2.1核算难点 《工作指引》中较明确规定了直接投入的开支范围，但企业实际发生的研发费中的材料费品种繁多，部分领料单上亦未写明具体用于什么研究开发项目，直接投入的认定和分配缺乏可靠的依据。 此外，很多申报企业特别是中小型企业以前年度并没有立设置研发费用科目，发生的研发费分别记载于不同的会计科目，如实验车间成本、管理费用、其他业务支出、在建工程、专项应付款等，而不同会计科目之间又不存在对申报明细表而言的勾稽关系。因此，申报企业将非研发材料成本计入研发直接投入中的人为操作空间很大。2.2应对措施a.总量领用的合理性判断； b.研究开发材料领用的月均波动情况是否合理； c.领用材料与研究开发项目的相关性判断，必要时可以考虑利用外部工作。如：聘请行业，对研究开发项目有关直接投入的品种、数量、质量等因素的合理性、相关性进行评价； d.对研究开发材料所形成的实物成果进行盘点及残次品的销售进行综合判断。如：电缆生产企业研究开发项目领用的铜等重要材料，在考虑残次品销售的前提下，需要对期末实物库存的合理性进行判断。
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