覆膜发酵也叫一次发酵，过程包括升温期、高温期、降温期。堆肥过程中，通过鼻闻判断堆肥发酵进行情况，若产生酸、臭等过度刺鼻气味，需及时调整含水量，使其发酵良好。
启动设备；温度、氧气浓度等传感器插入堆体中，连接控制系统。根据设备使用要求，启动堆肥机。若膜无法鼓起，需要查找相应原因，若膜鼓起时间较长，需通风20~24h。
建堆
将混匀的物料按梯形建堆，堆体上部宽度一般不低于堆体底部宽度的2/3，堆体底部宽度为发酵区设计宽度，堆体高度一般宜为1.2m~1.8m。布料时应物料均匀、松散，防止出现物料厚度不一致、含水率不均等情况。注：为了气体均匀分布，堆体物料前后、两侧物料布满，防止出现三角形堆体或者高低差异较大堆体；建堆时间不超过2天。
以200立方米堆体为例，通过铲车将混合好物料运至发酵区，建堆，高度、宽度应根据物料种类、特性、堆肥季节等进行适当调整，高一般不低于1.8m，宽6.0m。布料时应物料均匀、松散。
二次发酵
若需要进一步提高堆肥产物的腐熟度，可将堆体移出覆膜发酵区继续堆置15d～30d，中间翻堆1~2次。二次发酵也叫陈化或后腐熟，过程包括降温期。二次发酵过程中，严禁再次添加新鲜的堆肥原料。含水率宜控制在40%～45%。为减少养分损失，物料温度宜控制在50℃以下，可通过调节物料层高控制堆温。
二次发酵周期一般为15d～30d。发酵终止时，腐熟堆肥应符合下列要求：
a）外观颜色为褐色或为灰褐色、疏松、无臭味、无机械杂质；b）含水率宜小于30%；
c）碳氮比（C/N）小于20：1；d）耗氧速率趋于稳定。
堆肥设备通常系指堆肥进行生化反应的反应器装置，是堆肥系统的主要组成部分。它的类型有立式堆肥发酵塔、卧式堆肥发酵滚筒、筒仓式堆肥发酵仓和箱式堆肥发酵池。立式堆肥发酵塔又可分为立式多层板闭和门式、立式多层浆叶刮板式、立式多层移动床式。筒仓式堆肥发酵仓可分为筒仓式静态发酵仓和简仓式动态发酵仓。箱式堆肥发酵池可分为矩形固定式梨翻倒发酵池、扇斗翻倒式发酵池、吊车翻倒式发酵池和卧式浆叶发酵池。
按照通风方式分类
目前世界上采用的堆肥方法主要是高温好氧堆肥，它基本上可分三种类型：静态强制通风法堆肥、间歇翻堆强制通风法、连续动态强制通风法。各种方法的目的都以使垃圾达到无害化为指标，经充分腐熟，作肥料使用。各种方法的选择由垃圾的组成和地方的投资能力而决定。
静态强制通风的发酵装置
静态强制通风法堆肥要求在密闭的发酵池内进行。池形有方形、圆形、矩形、倒锥形等。发酵池池形的选择由进出料的方式所决定。高度一般为3～4 m。发酵池的密封有利于发酵条件的控制和无害化指标的实现。发酵池底设有通风、排水管道，两者可共用。池顶设有排风口，将废气排出并除臭。通风亦可由底部抽风，造成池力负压来实现。这种方法有利于对臭气的控制。风机一般选用离心式风机，风压53.32～66.65 kPa，每立方米堆层风量为0.1～0.2 m3(标准)/S。静态强制性的通风发酵由于是好氧发酵，其发酵周期比厌氧发酵短。但是，由于垃圾一直处于静止状态，导致物料的不均性及微生物生长的不均匀。因此，完成堆肥仍然需要较长的发酵周期，尤其对有机质含量50%的垃圾，静态强制通气较困难，易造成厌氧状态，发酵周期延长，这是它的局限性。
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