蛋白质、肽、氨基酸三者的结构关系，简单来说，它们是由宏观到微观的一个概念。蛋白质是多个氨基酸的聚合体，肽是多个氨基酸或少数几个氨基酸的聚合体，氨基酸就是单纯的氨基酸个体；从分子量的角度来讲，蛋白质是大的，然后可以降解为多肽、小肽，再到氨基酸。
作用
1、血液循环中的小肽能直接参与组织蛋白质的合成，此外肝脏、肾脏、皮肤和其他组织也能完整地利用小肽。其中肾脏是消化吸收肽和再吸收氨基酸的主要场所。
2、促进矿物质的吸收利用，主要以络合物形式与矿物质结合，增加矿物质吸收 。
3、小肽可以避免氨基酸间的吸收竞争。
4、小肽具有生理调节作用。它可以通过诱导小肠中一些酶活性的提高，而使小肠消化功能发育提前，促进健康和提高其生产性能，促进营养物质的消化吸收。
小肽是蛋白质在胃肠道消化时的终产物中的主要组分之一，在蛋白质营养中具有重要作用。研究表明小肽可直接被肠道吸收进入循环系统，这也是体内蛋白质吸收的主要形式。
由于动物体内存在大量的蛋白酶和肽酶，过去人们一直认为，动植物蛋白质降解成小肽后，再降解为游离氨基酸才能被动物吸收利用，所以人们一直把氨基酸作为研究、制作、追求、服食的主要营养。在20世纪60年代，科学家才提出令人信服的证据证明小肽可以被完整吸收和利用。由于这个重大的发现，人们才逐步接受了肽可以被动物直接吸收利用的观点。小肽和氨基酸的混合物在人体的吸收率和吸收速度都比单纯氨基酸佳，不仅如此，小肽还能在肠道内保护易被破坏的氨基酸。此外，单纯的氨基酸在体内根据需要新组成肽和蛋白质，而小肽和氨基酸的混合物可省去一部分重新组合的过程，因此，它的生物效价更高。
提高水产动物消化酶活力，促进消化吸收
水产动物消化道分化简单，且消化道较短，酶数量亦较少，肠壁转运氨基酸的载体数量不足，供能状态和消化功能较差。饲料中添加小肽制品可提高消化酶的活力，从而促进营养物质的消化吸收。
改善饲料风味，促进水产动物摄食
饲料风味和适口性直接影响鱼类的采食量，进而影响其行为和生长性能。有些小肽(调味肽)通过模拟、掩蔽，增强风味从而提高饲料的适口性。具有不同氨基酸序列的小肽可以产生多种风味，如：Gly-Leu、Pro-Glu等具有增强风味的作用;阿斯巴甜(Aspartarne)可以作为甜味剂用于增强饲料的甜度。此外，有些小肽可刺激神经、诱发食欲，如阿片肽、酪啡肽;还有些小肽可通过调节内源性激素的分泌来调控采食。
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