阳离子交换树脂运行主要是吸附离子，所以使用一段时间后会接近饱和树脂。这个时候如果不再生的话，那么树脂就不能再吸附，也就“没用”了。这个时候会进行再生操作。将化学药剂将阳离子交换树脂吸附的离子和杂质洗脱除去。
一般均在常温下再生。阴树脂再生时，所用再生液的温度和再生时间，对再生程度的影响要比阳树脂大。当原水中Si02 ＜A＜10%，加热碱液不经济Si02 ＜A比值升高时，加热碱液除硅效果明显提高。阴阳离子交换树脂提高再生液的温度可以改善对硅酸的再生效果和缩短再生时间，但温度太高易使树脂的交换基团分解，影响其交换容量的使用寿命。实践证明，再生和清洗的佳温度对于工型强碱性阴树脂为35~50℃ II型为(35士3)℃在动态阴离子交换过程中，HSiO-3在树脂层中的分布情况与其他阴离子有些不同。HSiO-3虽然主要是被下层的阴树脂吸附着，但就是在上层的树脂中也有少量吸附。同理，再生时，树脂层中硅酸氢根被置换出来的速度也就比较缓慢。碱液不加热要增加再生剂的耗量。
丙烯酸系树脂能交换吸附大多数离子型色素，脱色容量大，而且吸附物较易洗脱，便于再生，在糖厂中可用作主要的脱色树脂。苯乙烯系树脂擅长吸附芳香族物质，善于吸附糖汁中的多酚类色素(包括带负电的或不带电的)；但在再生时较难洗脱。因此，糖液先用丙烯酸树脂进行粗脱色，再用苯乙烯树脂进行精脱色，可充分发挥两者的长处。
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