覆膜发酵也叫一次发酵，过程包括升温期、高温期、降温期。堆肥过程中，通过鼻闻判断堆肥发酵进行情况，若产生酸、臭等过度刺鼻气味，需及时调整含水量，使其发酵良好。
启动设备；温度、氧气浓度等传感器插入堆体中，连接控制系统。根据设备使用要求，启动堆肥机。若膜无法鼓起，需要查找相应原因，若膜鼓起时间较长，需通风20~24h。
二次发酵
若需要进一步提高堆肥产物的腐熟度，可将堆体移出覆膜发酵区继续堆置15d～30d，中间翻堆1~2次。二次发酵也叫陈化或后腐熟，过程包括降温期。二次发酵过程中，严禁再次添加新鲜的堆肥原料。含水率宜控制在40%～45%。为减少养分损失，物料温度宜控制在50℃以下，可通过调节物料层高控制堆温。
二次发酵周期一般为15d～30d。发酵终止时，腐熟堆肥应符合下列要求：
a）外观颜色为褐色或为灰褐色、疏松、无臭味、无机械杂质；b）含水率宜小于30%；
c）碳氮比（C/N）小于20：1；d）耗氧速率趋于稳定。
间歇翻堆强制通风发酵装置
间歇翻堆强制通风法堆肥就是对高有机质含量的垃圾在利用堆肥法处理过程中，在强制通风的同时用翻堆机械将垃圾间歇翻堆，一方面防止堆肥物料结块以保持物料疏松而有利通风，另一方面促使堆肥物料的均匀混合，从而加快发酵过程，缩短发酵周期。翻堆机械装置有应用于露天条堆的轮胎式翻堆机和履带式链耙机，用于槽形发酵池的轨道形转子式翻堆机的板式输送翻堆机，用于圆形多层发酵塔形的翻堆桨和圆柱刮板旋转桨，也用于圆柱形密闭发酵池的桥架立式螺旋搅拌钻等。
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