扫描电镜可以采集多种不同类型的信号用于成像和分析，其中二次电子(SE)和背散射电子(BSE)信号是基本也是常见的两种信号类型。
不同厂家和型号的电镜在采集SE，BSE信号时所用的探测器都具有各自特的技术，但旁置式二次电子探测器和极靴下背散射电子探测器在架构和工作原理方面相对固定，应用也很广泛，因此本文只会对旁置式二次电子探测器和极靴下背散射电子探测器进行介绍。
STEM探测器和经典的极靴下背散射电子探测器类似，一般也采用半导体材质，并分割为好几块，
其中一块位于样品的正下方，主要用于接收正透过样品的透射电子，即所谓的明场模式；还有的位于明场探测器的周围，接收经过散射的透射电子，即所谓的暗场模式。
使用全新样品定位方法创建多视角（ Multiview） 数据
使用折射率 n=1.38 的 Scale 介质（Hama 等，Nat Neurosci 期刊，2011 年），或折射率 n=1.45 的水性澄清液（例如：CelExplorer Labs 公司生产的 FocusClear™ 产品）进行透明处理的组织来完成实验
使用可选的触发界面维持生理条件，充分发挥成像信息和环境条件控制两者相结合的优势
光透技术
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