生物有机肥是指特定功用微生物与主要以动植物残体(如畜禽粪便、农作物秸秆等)为来历并经无害化处理、腐熟的有机物料复合而成的一类兼具微生物肥料和有机肥效应的肥料。和化肥比较，生物有机肥营养元素完全，具有改善土壤、进步产品品质、改善作物根际微生物群、进步植物的抗病虫才能、进步化肥使用率等特色，深受喜欢。
有机废弃物，包含人畜粪便、餐余垃圾、污水处理厂的副产品污泥、瓜果蔬菜市场废弃的烂瓜果烂菜叶等等，其年产量是同期工业固体废弃物产量的10倍，量大且集中，如不及时处理将带来严重的环境污染。对有机废弃物进行堆肥化处理(好氧发酵)可以实现废物的资源化利用，因此获得了广泛的应用，人们尝试着开发了众多的好氧发酵反应器，试图提高好氧发酵的效率，降低发酵设备的制造成本和运行成本。
农业有机废弃物包括农业生产产生的各类农作物秸秆，以及畜禽养殖产生的畜禽粪便等，处理难度较大，是环境治理的难题。将农业有机废弃物畜禽粪便、秸杆等作为可利用的资源进行好氧发酵 ，不仅可以解决农业生产废物对环境的污染问题，同时生产出来的有机肥可以带来收益，实现了废弃物的无害化、减量化、资源化，符合我国对环境保护和资源可持续利用的政策方针。
目前，化肥被大量施用以保持农林业高产。但是，随着化肥用量不断增加，土壤开始板结，化肥淋入地下水也将造成水污染。近年来，我国提倡有机农业，大量应用有机肥，达到保持作物产量的同时，保护土地和环境。畜禽粪便是有机肥重要来源，2016年我国仅养殖肉牛产生的牛粪就达到15万吨以上，为我国有机肥生产提供了充足的原料。另外，我国小麦历年种植面积为我耕种地总面积的22％～30％，产生大量小麦秸秆，秸秆为养殖业提供饲料，也为有机肥生产提供了丰富原料。但是，丰富的原料只是生产的基础，重要的是对这些原料的加工利用。其中关键的是有机肥原料的发酵腐熟技术不断发展与创新。
生物菌肥是一种由生物菌种（如细菌、真菌等）经过发酵或培养后制得的肥料。它通常包含大量的活性微生物，这些微生物能够分解有机物质，提供植物所需的营养元素，并促进植物生长。 生物菌肥具有以下特点：
1. 提供多种养分：生物菌肥中含有丰富的有机质和微量元素，这些养分对植物生长发育至关重要。
2. 促进土壤生物活性：生物菌肥中的活性微生物能够分解有机物质，释放出更多的养分，并促进土壤中其他微生物的繁殖和活动，改善土壤质地和结构。
3. 增强植物力：生物菌肥中的益生菌能够与植物形成共生关系，提高植物的抗病能力，减少病虫害的发生。
4. 环境友好：生物菌肥不含化学合成的肥料成分，对环境污染较小，使用后不会对土壤和水体造成负面影响。
生物菌肥是一种使用微生物菌群作为主要成分的有机肥料。它通过添加益生菌和有益微生物来改善土壤质量和植物生长环境。 生物菌肥中的微生物菌群包括一些对植物生长有促进作用的细菌和真菌，例如固氮菌、磷解菌和有机物分解菌等。这些微生物能够与植物根系共生，提供植物所需的养分，促进植物的生长和发育。
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