书写痕迹的同一认定就是根据上述书写习惯特征及假定，分别检验出检材(送交鉴定的字迹材料)和样本(被怀疑人书写字迹的材料)中的笔迹特征，通过特征的比对，在两者反映的书写痕迹特征相同的情况下，认定为符合同一的书写习惯，在两者反映的书写痕迹特征不同的情况下，确认不符合同一书写习惯。这就是书写习惯同一认定的原理及操作过程。
书写习惯具有相对稳定性。人的书写习惯一旦形成后便在一定时期内保持不变，这是由人的习惯性思维和习惯性动作而所致。书写习惯的相对稳定性是笔迹鉴定能够进行书写痕迹鉴定的客观条件。
笔迹鉴定样本一般为平时样本，收集的样本材料中，相同的字迹一般不少于三个，平时样本又分为案前样本与案后样本。案前样本，是指被鉴定人在案件形成前所书写的笔迹，能更真实地反映被鉴定人书写习惯。案后样本，是指案件发生后被鉴定人在日常工作和生活中书写的自然笔迹。其作为样本的价值也比较高，但存在被鉴定人故意伪装的情况。
笔迹鉴定一般需要15天，一般笔迹的司法鉴定需要的时间：司法鉴定从受理之日起一般应当在15日内出具司法鉴定文书。如确需延长的，经向委托人说明理由，可延长至30日。复杂、疑难案件的鉴定时限确需延长的，经司法鉴定机构负责人批准，并征得委托人同意，可再适当延长。延长期不得超过60日。
比较检验的内容有四个方面： 1 比较书写动作一般状况特征、文字布局特征、书面语言特征的相同与不同； 2 比较单字或笔画单个特征的相同与不同； 3 比较各组特征的相同与不同； 4 比较各类特征的相同与不同； 对于字迹多的检材，比较检验时要对上述四方面的相同特征和不同特征进行地统计分析，用数学方法反映书写习惯的量与质方面的异同。
因为笔迹鉴定准确度通常受限于样本质量和年限等诸多问题，当提供样本文本过短或相隔时间过久都会造成鉴定准确率不高。所以，当事人如果对鉴定结论不服时可以申请重新鉴定，但当事人就不能只是单纯的提出申请，避免因为鉴定结果的对自己不利性而提出质疑，而要围绕重新鉴定申请准备充分合理的理由，或提供更多有效的样本文本进行复检。比如对鉴定结论的异议之处提出充分合理的依据，包括针对鉴定程序和鉴定结果等等。
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