蓝莓苗的根系没有根毛。正因如此，蓝莓根系的吸收能力比具有根毛的根系小得多。其吸收面积只有同样大小具有根毛的小麦根系的1/10。蓝莓的根系细，呈纤维状，细根在分枝前直径为50～75um。
值得注意的是，几乎所有蓝莓的细根都有内生菌根的寄生，从而克服蓝莓根系由于没 有根毛造成的对水分及养分的吸收困难。近年来，众多的研究已，菌根的寄生对蓝莓生长是有益的。
矮丛蓝莓根系的主要部分是根状茎。据估计，矮丛蓝莓大约85%的茎组织为根状茎。不定芽在根状茎上萌发，并形成枝条。根状茎一般为单轴形式，直径3～6。根状茎分枝频繁，在地表下6～25深的土层内形成紧密(穿插)的网状结构。新发生的根状茎一般为粉红色，而老根状茎为暗棕色并且木栓化。矮丛蓝莓的根系分布在上层中的有机质层。
合格的蓝莓苗为：北高丛品种株高35-40cm，丛枝数2-4个，枝茎基部粗度为3-4mm；半高丛品种株高35cm，丛枝数3-4个，枝茎基部粗度3-4mm；植株生长健壮，根系发达，充满整个基质空间，无病虫害，能田间定植成活。
蓝莓苗的根系适宜疏松、有机质含量高的酸性基质，一般pH值4.0～5.2为宜。不同的品种、苗龄、生育期对基质要求差异较大。小苗期对基质要求严格，随着苗龄的增长，对基质的要求可适当放宽。
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