冷藏集装箱租赁的程租包含单越租用和来往返租用二种方法。在其中单越租用多条航道上去往返一手货源不平衡的状况，即从起运港空运提单单趟应用海运集装箱；来往返租用则一般用以来往返有较均量的航道。
冷藏箱装载完毕并且电源接通后，应安排有经验的船员检查确认冷藏装置开始运转，温度正在逐步达到设定值。如果冷藏装置不运转，应当采取基本检查措施。许多冷藏货物索赔产生的原因是对于华氏度和摄氏度，以及正负温度的混淆。冷藏货物装上船后，就要注意确保温度设定正确。如果实际温度设定与货物运输指示之间存在任何差别，均应立即汇报。
二手冷藏集装箱在运输中的重要部分不仅仅是运输。为了运输质量效果，要检查其功能，注意不要在运输中损失货物。冰箱装船后，要检查冷藏或冷冻货物的原始质量，并在订单上说明。包装过程中要严格遵守装载原则，以防止冷风短路引起的冷却不平衡，降低冷却装置的冷却效率。长途运输时，箱内设置温度和实际温差不能太大。运输新鲜水果、蔬菜等要及时打开通风孔进行通风。
在二手冷藏集装箱制冷装置运行过程中，蒸发器盘管上会形成冰层，这取决于设定温度、货物温度、通风装置的新风量和货物湿度。制冷装置会定期进入除霜状态，一系列电加热装置会产生热量或向蒸发器盘管内吹入热空气。此时所有风扇将停止旋转，以防止热空气进入货舱。但是，由于回风温度传感器位于制冷机组附近，因此可能会记录温度升高。因此，除非经过数据记录软件处理，否则温度记录会显示与除霜间隔一致的周期性温升。如果除霜时间很短，每小时的温度读数和除霜时间可能会有一些差异。
二手集装箱可用作二次利用的工具，质量较好的二手集装箱，其实在经过简单的翻新后，也可再次用作运输工具。由于有些集装箱只是因为年代久远，或者是公司不再需要才被淘汰，其实并没有什么严重的问题，仍然可以继续使用。因此只需简单的进行翻新，就能后续的使用效果，实用性还是不错的。集装箱再利用需要经过严格的检验才行，所以一定要对基础进行确认，以免影响使用。
有时在行程时间较短的情况下使用的另一种制冷系统是全损耗制冷，其中使用冷冻的二氧化碳冰（或有时是液氮）进行冷却。低温冷冻的气体缓慢蒸发，从而冷却容器并从中排出。只要系统中有可用的冷冻气体，容器就会被冷却。这些已在轨道车中使用多年，可提供长达17天的温度调节。虽然(上海冷藏集装箱租赁)冷藏集装箱在航空运输中并不常见，但通常使用全损耗干冰系统。这些集装箱有一个装有固体二氧化碳的腔室，温度由恒温控制的电风扇调节，空运版本旨在保持温度长达100小时左右。
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