由于招标方缺乏编制招标文件的相应能力或能力不高，按规定，这类招标方若要进行招投标活动，就委托合适且资质符合规定的招标代理机构代其行使权力。但招标方在很大程度上会为了自身利益或与投标方达成的利益关系，选择不具备相应编制招标文件资质和实力的招标代理机构。因为这类机构极易在招标过程中进行违规操作，使得招标活动产生腐败现象。并且此类代理机构由于没有相应的资质，竞争力较差。因此，它们甚至不惜进行价格战来提升自己的市场竞争力，这种压格来获得市场占有率的行为势必会导致市场秩序的混乱，产生严重不良后果。在对招标代理机构进行审计时，审计人员应审查招标代理机构的资质是否能满足组织招投标活动的要求。
招标代理结构的立性差同时也极易促成代理机构、招标方与投标方三者之间相互勾结，影响甚至操纵招投标结果的不利局面。在对招标代理机构进行审计时，审计人员应对代理机构、招标方与投标方三者之间的往来和关系进行审查。
审计人员在对招投标项目进行审计的过程中，有时对招投标审计的职能认识与定位不清楚，对招投标审计的责权不明晰。所以，常会出现审计人员参与到建设项目的管理决策过程中的情况，产生审计管理越位与错位现象。因此，审计人员在对招投标项目审计之前给自己的工作做好定位，清楚自己的工作职责，将自己的行为规范在职责范围内。
评标就是对投标文件的评审和比较，根据什么样的标准和方法进行评审，是一个关键问题，也是评标的原则问题。因此，评标的审计，是招投标审计的重中之重，这一过程应根据招标项目的不同类型，审计评标内容、评标依据、评标方法和评标过程。 1、评标内容。评标的主要内容，是决定投标胜负的关键性竞争。审计时应审查评标内容的全面性和评标标准的合理性和科学性，评标标准不得含有倾向或者排斥潜在投标人的内容，不得妨碍或者限制投标人之间的竞争。 2、评标依据。评标应当依据招标文件的规定以及招标文件所提供的内容评议，不得临时采取招标文件以外的标准和方式进行评标。评标时，招标单位不得任意修改招标文件的内容或提出其他附加条件作为中标条件。审计时，应坚持公开、公平、公正的原则，确保评标过程中平等、公正的对待所有投标者。
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