对经济特区内生产企业申请自荐进出口经营权试行自动登记制，经济特区的生产企业，注册资本200万元以上，并已投入生产，均可向当地外经贸主管部门申请登记，外经贸主管部门应在15个工作日内对符合条件的生产企业予以登记，即取得出口自产产品和进口生产所需的机械设备、原辅材料的进出口经营权，可按规定到海关、商检、外汇、工商、税务等管理部门办理有关手续。生产企业在申请自营进出口权的过程中，对外经贸主管部门的决定不服，可根据《行政复议条例》向外经贸部申请复议。
只要是具有较强的技术及技术产品研究开发能力，并在科技成果商品化、产业化方面取得实绩，申请进出口权前两年，委托代理出口平均创汇额不低于30万美元的科研院所，经国家科委推荐，外经贸部即受理其进出口经营权的审核、批复工作。
科研院所申请进出口权须履行以下程序：各部门直属科研院所应向其主管部门提出书面申请，由主管部门送科技部和外经贸部
地方科研院所向所在省、自治区、直辖市及计划单列市经贸厅（委）和科委提出书面申请，由经贸厅（委）和科委负责审查，取得一致意见后联合报科技部和外经贸部。科技部对各部门、各地区报送的科研院所进行审查后，提出审查意见分批送外经贸部，外经贸部根据科技部的审查意见，进行审核批复。
商业、物资企业
赋予商业、物资企业进出口经营权的主要目的是为了深化流通体制改革，扩大对外开放，增强国有大中型商业、物资企业活力，加快发展第三产业。
地方企业由各省、自治区、直辖市及计划单列市经委、外经贸委（外贸局）向国家经贸委、外经贸部申报。部门直属企业由各主管部门向国家经贸委、外经贸部申报。
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