招标代理结构的立性差同时也极易促成代理机构、招标方与投标方三者之间相互勾结，影响甚至操纵招投标结果的不利局面。在对招标代理机构进行审计时，审计人员应对代理机构、招标方与投标方三者之间的往来和关系进行审查。
在招标活动中，投标方为了后中标，一般会采取串标、陪标等方式来骗取中标。常见手段有：一是由于招标方与某一投标方之间存在某种利害关系，招标方会通过泄漏标底、串通等形式与投标方串标，以帮助投标方中标获得承建资格。
招标方考虑到自身利益或者与投标方存在的利益关系，在对评标成员进行选择时通常不会按照规定采取随机抽签临时选择的方式。甚至有时招标方、评标成员和投标方相互勾结，进行权钱交易或偏向性评分。在对评标进行审计时，审计人员应对其的产生方式与立性进行着重审查，防止评标不公平现象的产生。
在招标活动后的中标阶段，中标方与招标方除了签订中标合同以外，常常还会签订其他与中标合同相关的补充协议。这些协议通常可以分为两类，其中一类协议虽然对原中标合同中的某些未尽事宜进行了简单的补充与说明，但同时也会订立一些与原合同条款相冲突或背离的内容，这样显然会影响到中标结果的公平性。另一类是对原中标合同中约定的价格、付款进度、工期等条款进行直接更改，会影响建设项目的完工情况与进度。因此，审计人员在对中标签约阶段进行审计时，应审查定标程序及方法是否满足合法合规性。还应着重观察中标方履行合同时的行为，分析、判断是否符合中标合同中签订的条款，是否存在中标合同以外的其他违规签订的协议。
审计人员在对招投标项目进行审计的过程中，有时对招投标审计的职能认识与定位不清楚，对招投标审计的责权不明晰。所以，常会出现审计人员参与到建设项目的管理决策过程中的情况，产生审计管理越位与错位现象。因此，审计人员在对招投标项目审计之前给自己的工作做好定位，清楚自己的工作职责，将自己的行为规范在职责范围内。
一是程序规范化。审计招标严格按照相应的招标程序来选择与购买审计服务，审计服务需求方及招标方依照一定程序将其所需审计服务的内容以及相关条件等信息公开，满足条件的会计师事务所发起投标。 二是竞争性。审计服务需求方通过将其所需审计服务的内容以及相关要求公开来吸引会计师事务所，招标公示将很多招标信息提供给会计师事务所，使得会计师事务所能够公平地参与审计投标中来。 三是招标过程公正公平公开。
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资产负债表审计 审查内容有∶ （1）检查资产负债表是否按照会计制度规定的科目及格式编制，复算报表各项之间的钩稽关系。 （2）将本期资产负债表各项目数字与期或各期相比，查明有无变动较大或异常情况;同时，检查资产负债表与其他报表的钩稽关系，并进行复算核对。 （3）全面核对资产负债表项目与总帐科目或有关明细帐数字是否相符，以总帐的本期发生额及余额与其所属明细账各分类科目的本期发生额及余额之和相核对，检查帐与帐之间的记录是否相符。 2、损益表审计 需审查内容有∶ （1）检查损益表内各项目填列是否完整，有无漏填、错填;核对各项目数字之间的钩稽关系。 （2）检查损益表与其他报表的勾稽关系。 （3）核对损益表各项目数字与相关的总账、明细账数字是否相符。 （4）结合对成本费用、销售收入、利润分配等有关明细账的检查，核实成本费用、各项收入、投资收益和营业外收支等项教字是否准确 （5）结合对纳税调整的检查，核实所得税的计算是否正确，
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