混料
按配方要求，利用混匀设备将原料、辅料、微生物菌剂混匀。混匀时宜先将微生物菌剂按一定比例与辅料搅拌均匀稀释，再按接种量与其他物料混匀，如处理200立方米的物料时，通过铲车等搅拌设备将70kg~100kg的微生物菌剂与辅料混匀。混匀的堆肥物料的含水率宜控制在50%~60%，即抓一把在手里，握紧成团，指缝间不见水，松开手轻轻一碰即散开。注：混匀设备为铲车、翻抛机、搅拌机等，混匀效果较好设备为翻抛机、搅拌机；物料充分混匀；采用铲车拌料，根据场地情况，强烈推荐3.0以上铲车；堆肥物料含水率是重要指标，强烈要求鸡粪、猪粪堆肥含水率小于60%。
二次发酵
若需要进一步提高堆肥产物的腐熟度，可将堆体移出覆膜发酵区继续堆置15d～30d，中间翻堆1~2次。二次发酵也叫陈化或后腐熟，过程包括降温期。二次发酵过程中，严禁再次添加新鲜的堆肥原料。含水率宜控制在40%～45%。为减少养分损失，物料温度宜控制在50℃以下，可通过调节物料层高控制堆温。
二次发酵周期一般为15d～30d。发酵终止时，腐熟堆肥应符合下列要求：
a）外观颜色为褐色或为灰褐色、疏松、无臭味、无机械杂质；b）含水率宜小于30%；
c）碳氮比（C/N）小于20：1；d）耗氧速率趋于稳定。
后处理及利用
将生产出的腐熟堆肥散装或装袋存放于防雨地方待售。制得的腐熟堆肥可进行粉碎、筛分、深加工等处理。经过纳米膜好氧发酵获得的腐熟堆肥可直接还田利用，应符合GB/T 25246的规定。生产商品有机肥料的，应符合NY 525的规定。生产生物有机肥的，应符合NY 884的规定。生产有机-无机复混肥的，应符合GB/T 18877的规定。
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