低氮冷凝锅炉压力的突然升高一般是因水温过高汽化造成，也可能因突然停泵或管内严重积垢、杂物堵塞。锅炉压力突然降低，一般是天然气锅炉缺水造成，可能是排污阀没关严或管网泄露，发现后应及时补水。
低氮冷凝锅炉运行中应严格控制出水和回水温差，不要超过30℃，否则因温差变化大，对天然气锅炉的安全运行带来很大危害。
定期排污（每班至少一次）应认真进行，避免污垢在锅内堆积造成锅筒鼓包或管子堵塞爆管。
普通锅炉燃烧时的烟气温度很高，约为130度，带走了很多热量，冷凝燃烧技术将烟气温度降到50度，将部分烟气冷凝成液态，吸收了烟气从气体变为液体的热量，也就是回收了原来被烟气带走的热量，所以热效率比普通锅炉高许多。
由于在计算锅炉热效率时不考虑高温烟气所带走的热量，而冷凝 锅炉利用了这部分热量，所以热效率计算不能套用传统锅炉效率计算式计算，否则就有可能超过，得出冷凝式锅炉的理论大热效率为111 %的错误结论。
图解烟气冷凝式热水器效率超过的原理性错误
E=A+B+C
η1=(D+B)/E
η2=D/A
(1)热力学第二定律认为，E=A+B+C，因此，η1=(A+B)/E，η1≤。
(2)锅炉热效率，针对不使用烟气热能这一简化计算条件，将锅炉B=0，保温条件良好时忽略热损失C=0，锅炉热效率可简化估算为η2=D/A，故简化计算式的应用限定条件为“不使用烟气热能”。
(3)冷凝式采暖设备，其特征是“使用烟气热能”，故不能采用η2=D/A进行计算。
(4)在保温条件良好时忽略热损失C=0，冷凝式采暖设备的热效率计算应为η1=(D+B)/E，可简化为η1=(D+B)/(A+B)，而不是η1=(D+B)/A。
如果，在冷凝式采暖设备的热效率计算中错误地选用导出的传统锅炉热效率估算公式，而不是使用热力学第二定律的热效率定义式，就会出现热效率大于的离谱现象。
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