HACCP是决定产品安全性的基础，食品生产者利用HACCP控制产品的安全性比利用传统的终产品检验法要可靠，实施时也可作为谨慎防御的一部分。HACCP作为控制食源性疾患为有效的措施得到了国际和国内的认可，并被FDA和世界卫生组织食品法典批准。
在证实HACCP体系运作正常、产品的组成和可追溯性方面，微生物测试具有重要意义。通过追溯微生物测试数据，当生产不能得到有效控制或预防措施未能有效降低细菌水平的时候，公司能够识别。而单纯的终产品测试效果就差得多了。例如，对于生肉和家禽的细菌含量水平，就没有充分的数据用来判断什么情况是可接受"的。因而，终产品测试结果不能提供有用的数据，更不用说趋势分析，除了能证明当时的细菌的含量之外，它不能解决、识别并消除食品污染问题。
认证益处
· 改善内部过程
· 通过定期审核来维持体系运行，防止系统崩溃
· 通过对相关法规的实施，提高声誉，避免认证企业违反相关法规
· 认证能作为公司的敬业依据，降低负债倾向
· 当市场把认证作为的准入要求时，增加出口和进入市场的机会
· 提高消费者的信心
· 减少顾客审核的频度
· 与非认证的企业相比，有更大的竞争优势；
· 改善公司形象。
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