目前，化肥被大量施用以保持农林业高产。但是，随着化肥用量不断增加，土壤开始板结，化肥淋入地下水也将造成水污染。近年来，我国提倡有机农业，大量应用有机肥，达到保持作物产量的同时，保护土地和环境。畜禽粪便是有机肥重要来源，2016年我国仅养殖肉牛产生的牛粪就达到15万吨以上，为我国有机肥生产提供了充足的原料。另外，我国小麦历年种植面积为我耕种地总面积的22％～30％，产生大量小麦秸秆，秸秆为养殖业提供饲料，也为有机肥生产提供了丰富原料。但是，丰富的原料只是生产的基础，重要的是对这些原料的加工利用。其中关键的是有机肥原料的发酵腐熟技术不断发展与创新。
菌肥的使用方法：
1. 施用量：一般情况下，每亩土地使用菌肥的量为10-15公斤。
2. 施用时间：菌肥可与基肥一同施用，也可作为追肥使用。一般在种植前2-3周施用，或者在植物生长期间按需追肥。
3. 施用方式：菌肥可直接撒在土壤表面，然后轻轻耕入土中，也可与底肥或追肥混合使用。 需要注意的是，菌肥的保存要避免阳光直射和高温环境，尽量保存在阴凉干燥处。
此外，在施用菌肥时，应避免与农药等化学物质混用，以免发生不良反应。
本品含有的微量元素能有效调节叶面气孔开闭及水分蒸腾，增强作物抗旱、抗干热风、抗寒及抗低温的能力，对旱作农业具有重要意义。 生物菌能固氮并活化土壤中沉积的磷和钾，提高肥料利用率，调控养分释放，并且在其他元素供应过量时，有抑制供给的特点。 生物菌在植物根系周围形成保护屏障，抑制、和生理害的发生。
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