实验室污水处理流程大致分为三个主要步骤，包括预处理，主要处理和二次处理。
1、是预处理，它旨在去除进入处理过程的大颗粒物和沉淀物。这些物质通常来自于实验室中的悬浮固体物质，比如细胞，细菌等。预处理可以采用镜像过滤，离心等方式。
2、是主要处理，主要处理的目标是去除水中的有机物质、氮和磷盐等污染物。这一步骤的实现通常采用生物处理方式，也就是通过微生物将污染物质分解掉，通常会使用生物滤池或污泥法系统来处理。
3、是二次处理，其目的是去除在主要处理中没有被去除的残余污染物，这需要进一步处理。例如，用深度过滤技术将污染物在化学过滤和膜过滤中去除。
水解法
对有机酸或无机酸的酯类，以及一部份有机磷化合物等容易发生水解的物质，可加入氢氧化钠或氢氧化钙， 在室温或加热下进行水解。水解后，若废液害时，把它中和、稀释后，即可排放。如果含有有害物质时，用吸附等适当的方法加以处理。
实验室废液处理注意事项：
1)、尽量回收溶剂，在对实验没有妨碍的情况下，把它反复使用；
2)、为了方便处理，其收集分类往往分为：a)可燃性物质b)难燃性物质c)含水废液d)固体物质等。
3)、可溶于水的物质，容易成为水溶液流失。因此，回收时要加以注意。但是，对甲醇、乙醇及醋酸之类溶剂，能被细菌作用而易于分解。故对这类溶剂的稀溶液经，用大量水稀释后，即可排放。
4)、含重金属等的废液，将其有机质分解后，作无机类废液进行处理。
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