氯的杀菌作用是氯在水中生成分子状态的次氯酸，次氯酸分子能穿透微生物的细胞膜与蛋白质生成稳定的N-CL键，使呼吸作用所必需的还原酶减弱或失去活性，较高浓度时会破坏细胞壁。添加到水中的氯以次氯酸的形式存在的比例越高，杀菌效果越好。
氯处理的效果很快，水中的原生动物（如草履虫和纤毛虫）和轮虫等，通氯之后很快就被杀死。藻类比细菌更容易被氯杀死，加氯的浓度达1mg/L，就能杀死大部分藻类。使蓝藻和硅藻致死的氯浓度分别为0.5-1.01mg/L和0.1-1.01mg/L。
氧化性杀菌灭藻剂，白色固体，具有强烈的氯气刺激味，含有效氯在90%以上，是一种的氧化剂和氯化剂，具有、广谱、较为安全的消毒作用和缓释的特点，对细菌、病毒、真菌、芽孢等都有杀灭作用，对球虫卵囊也有一定杀灭作用。
青苔是由真菌发展而来的，背阴潮湿的环境非常适合真菌生长，因此，青苔多出现在阴湿的环境中。青苔也是一种藻类，那么只要条件适宜，青苔就会产生，并且青苔的生长同样需要营养元素，一旦青苔爆发，就会与其它藻类竞争营养元素，所以此时你再肥水供应，也只会令青苔越长越猛。
百杀菌灭藻剂中的有效活性物能够在低浓度瞬间杀灭各种细菌、真菌、藻类等微生物。它通过改变细胞膜通透性、使细胞外膜产生疏水特性变化，从而抑制细胞生长，并使细胞外膜有剥落的现象，而易导致细胞中钾离子的疏失，使藻体细胞失去正常的生理代谢作用而逐渐死亡。从而可以抑制水中和介质上藻类生物的生长，同时可以起到杀菌作物。
青苔的危害有以下几点：青苔附着在植物叶片表面，竞争营养，影响叶片光合作用；青苔附着在降温水帘、地面布上，减少了设施的使用寿命，生产投入成本增加；与其他藻类竞争营养，藻类的繁殖会使池水或营养液变瘦；青苔死亡腐烂后可对种植、养殖水体形成次生污染；青苔在白天大量产氧，在晚上又大量耗氧，造成pH波动大；当青苔大量发生时，想完全杀灭青苔既不现实，也不经济。
真菌：
冷却水系统中的真菌包括霉菌和酵母两类。
真菌破坏木材中的纤维素，使冷却塔的木质构件朽蚀。
真菌对冷却水系统中的金属并没有直接的腐蚀性，但它们产生的粘状沉积物会在金属表面建立差异腐蚀电池而引起金属的腐蚀。粘状沉积物覆盖在金属表面，使冷却水中的缓蚀剂不能到那里去发挥它的防护作用。
1-3 藻类
冷却水中的藻类主要有蓝藻、绿藻和硅藻。藻类的生长需要阳光，所以它们常常停留在阳光和水分充足的地方。
死亡的藻类团块进入换热器中后，会堵塞换热器中的管路，降低冷却水的流量，从而降低其冷却作用。
藻类本身并不直接引起腐蚀，但它们生成的沉积物所覆盖的金属表面则由于形成差异腐蚀电池而常会发生沉积物下腐蚀。
二、冷却水系统中金属的微生物腐蚀
冷却水系统中金属微生物腐蚀的形态可以是严重的均匀腐蚀，也可以是缝隙腐蚀和应力腐蚀破裂，但主要是点蚀。
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