鸽子粪有一很高的药用价值，将晒干鸽子粪用纱布包起来，放入盘中加入开水，先利用水蒸气对的部位进行熏蒸，等水温凉下来的时候再用水洗，每天洗上两三次，对特别有效。
虽然鸽子粪对于人来说是一个大麻烦，但是在16-18世纪的欧洲却被当作无价之宝，当时鸽子粪被认为是比农家肥要有效的肥料。以至于会有武装警卫守护在鸽子窝的周围，防止小偷偷走鸽子粪。
不但如此在16世纪的英国，鸽子粪还是已知的硝石来源，而硝石是制作黑色火药的重要成分。在伊朗，食用鸽子肉是被禁止的，鸽子窝就是为了收集鸽子粪当作肥料种植瓜果，而在法国和意大利则用来培养葡萄和麻类作物。
鸽子粪的用处除了可以当有机肥使用外，其它的用处还有很多，由于鸽子粪的营养价值高，加入一些粗粮通过发酵，除了可以当做猪饲料时使用外，用处还有很多:可以用来养鱼养虾，对池塘的水源也不会造成污染，还能增加水的营养成分;经过发酵的鸽子粪也可以用来种植各种花卉，没有经过发酵的鸽子粪不同对花卉直接肥，会把花卉的根茎烧死;也可以用来养殖蚯蚓黄花虫等用途。
鸽粪在发酵处理过程中，伴随着微生物的大量快速繁殖和一系列复杂的生化反应过程，微生物在繁殖过程中会产生大量的代谢物质（如酶、激素、抗生素，这些物质是生物体本身自然所产生的，不是外来的化学激素抗生素，只有好处而无任何毒副作用），其中激素可刺激作物快速生长发育；而抗生素则能明显抑制土传病菌的传播，提高作物抗病、抗逆性能。
由于一般物料生产周期仅3―7天，尽可能地避免了有机物料中的养分的流失，加上微生物的作用，把一些作物难以吸收利用的物质（如难溶的磷钾矿物质）、纤维素木质素转化成可被作物吸收利用的养分，肥效比不发酵要好得多。
一般情况下，鸽子粪需要经过发酵后再使用，不能晒千后直接使用，因为鸽子粪在土壤中发酵会产生大量的热量，导致植物烧根。如果想要直接使用，应当和作物的根系保持一定的距离。对蔬菜施肥，先挖一个深坑，然后用三明治法覆盖土壤。对果树施肥，先在果树周围挖环状浅沟，深0.1m，再将鸽子粪施入沟中，覆土。
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