生物箱的生物除臭工艺的原理是利用微生物的生物降解作用对臭气物质进行吸收和降解从而达到除臭的目的。臭气通过湿润、多孔和充满活性微生物的滤层，利用微生物对恶臭物质的吸附、吸收和降解功能，微生物的个体小、表面积大、吸附性强、代谢类型多样的特点，将恶臭物质吸附后分解成CO2、H2O、H2SO4、HNO3等简单无机物。生物滤池法除臭，适合大气量低浓度的废气处理。
恶臭气体不仅对生态环境造成严重影响，而且对人体健康具有的危害，会使产生障碍、病变，引起慢、急。杂环香料的阈值低、气味强度大且不愉快，在生产和包装过程中极易有大量的气味逸出，对公司内部和周边人群易造成身心不愉快。
当含有气、液、固三项混合的有毒、有害、有恶臭的废气经收集管道导入本系统后通过培长在生物填料上的微生物菌株形成的生物膜来净化和降解废气中的污染物。 此生物膜一方面以废气中的污染物为养料，进行生长繁殖；另一方面将废气中的有毒、有害恶臭物质分解，降解成无害的 CO2，H2O，H2SO4，HNO3等简单无机物，从而达到除臭的目的。
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