专项审计报告应包括以下主要内容：
一．说明部分
1．说明委托方名称（被审计企业名称）及委托目的（审计目的）；
2．说明会计责任、审计责任、审计依据。
企业及项目基本情况
1．企业基本情况，包括：公司名称、注册日期、营业执照颁发机构、注册号码、注册资本，法定代表人、公司住所，经营范围。
2．简述项目情况。
基金项目合同及相关规定
1．项目申报时间、项目名称、合同签订时间、立项代码、取得创新基金资助金额及资助方式。
2．项目投资总额。
3．创新基金用途。
4．项目合同规定的各项经济指标情况。
会计报表审计 ：各类企业年度会计报表和企业中期报表审计，常规业务审计主要用于提供给公司股东、上级单位或有关主管部门。
财务收支审计 ：各类企业年度报表、中期报表的债权债务以及收入和支出的审计。
事业单位审计：各类事业单位的年终财务报告，按照《事业单位会计制度》进行审计，以确认其财务报告的真实性、有效性、合法性提供给本事业单位或上级单位备用。
经济责任离任审计 ：指各类企业、事业单位的法定代表人在任职期间经济责任履行情况，并鉴证和评价是考核责任人在任职期间的经济责任和业绩。
清算（包括企业合并、分离、解散、破产）审计：各类企业单位、事业单位由于各种因素终止或企业破产时，对其清算期间的债权债务的清偿、资产的变现以及清算期间收益、损失、费用的支出的清算，合同约定的终止清算，税务的清算和清缴，企业在工商部门进行注销登记等审计。
司法鉴定审计：各类企业或个人在诉讼中接受法院、检察院、或当事人的委托，对涉及诉讼的经济事项或其他事项的过程、结果进行专项审计，并出具具有法律认可的审计报告。
专项审计：各类企业单位、事业单位或上级主管部门，或因特殊利益、其他有关经济情况委托对其某方面进行的专项审计，并出具审计报告提供给委托方。
公司财务报表审计主要审查哪些内容
1、资产负债表审计
审查内容有∶
（1）检查资产负债表是否按照会计制度规定的科目及格式编制，复算报表各项之间的钩稽关系。
（2）将本期资产负债表各项目数字与期或各期相比，查明有无变动较大或异常情况;同时，检查资产负债表与其他报表的钩稽关系，并进行复算核对。
（3）全面核对资产负债表项目与总帐科目或有关明细帐数字是否相符，以总帐的本期发生额及余额与其所属明细账各分类科目的本期发生额及余额之和相核对，检查帐与帐之间的记录是否相符。
损益表审计
需审查内容有∶
（1）检查损益表内各项目填列是否完整，有无漏填、错填;核对各项目数字之间的钩稽关系。
（2）检查损益表与其他报表的勾稽关系。
（3）核对损益表各项目数字与相关的总账、明细账数字是否相符。
（4）结合对成本费用、销售收入、利润分配等有关明细账的检查，核实成本费用、各项收入、投资收益和营业外收支等项教字是否准确
（5）结合对纳税调整的检查，核实所得税的计算是否正确，
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