在医学领域，扫描电镜测试可用于观察组织和器官的微观结构和形貌，了解疾病的发病机制和病理变化过程。例如，在癌症研究中，扫描电镜测试可以用于观察肿瘤细胞的形态和结构，评估肿瘤的恶性程度和预后。
扫描电镜主要应用于对样品微区形貌，结构与组成进行观察与分析。它以分辨率高，景深好和操作简单而被广泛应用与材料学，物理学，化学，生物学，考古学，地矿学和微电子工业
扫描电镜可以研究岩土组成，构造和坚固性。可用来观测宇宙尘，陨石及月岩等的形态特征，构造，以便对推断其成因和认识宁宙提供了有效资料；可以对古微生物化石形态，排列方式进行研究，对测定地质年代及地层形成古地理环境等提供数据。
扫描电镜能分析矿物表面形貌，组织和组成。通过扫描电镜（SEM）观测矿物微区变化能为矿物成岩环境与历史演化分析提供证据；能观测粘士矿物形态，分布，性质与共生组合等特征，为粘土矿物成因与地球化学背景分析奠定基础；能分析储集岩矿物组成，结构构造，孔隙类型与成因等特征，并为储层优劣评价提供参考。
扫描电镜可粗略分为镜体和电源电路系统两部分。镜体部分由电子光学系统、信号收集和显示系统以及真空抽气系统组成。
扫描电镜主要用于：观察纳米材料，材料断口的分析，直接观察原始表面，观察厚试样，观察各个区域的细节，大视场低放大倍数观察，从高到低倍的连续观察，观察生物试样，进行动态观察，从形貌获得资料等等。
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