由于无机物离子的直径都很小（0.3～0.7nm），用普通的凝胶型树脂是完全可以除去；但当水中有有机物分子存在时，由于其分子很大（胶硅化合物的粒径可大于50nm，某些蛋白质分子为5～20nm），用普通凝胶树脂除去它们则有困难。而且再生时，这些被吸附的有机物也不易被再生下来，所以凝胶型树脂易于被有机物所污染。
凡外观透明、具有均相高分子凝胶结构的离子交换树脂统称为凝胶型离子交换树脂。这类树脂表面光滑，球粒内部没有大的毛细孔。在水中会溶胀成凝胶状。树脂内大分子之间的间隙为2~4nm。一般无机小分子的半径在1nm以下，因此可自由地通过离子交换树脂内大分子链的间隙。在无水状态下，凝胶型离子交换树脂的分子链紧缩，体积缩小，无机小分子无法通过。所以，这类离子交换树脂在干燥条件下或油类中将丧失离子交换功能。
用普通合成法制成的离子交换树脂，由许多不规则的网状高分子组成，类似凝胶，所以称其为凝胶型树脂，如津南化工厂生产的001×7、201×7等都属于凝胶型树脂。凝胶型树脂在水中会发生溶胀，体积变大，这种溶胀会使树脂的机械强度降低；同时，当凝胶型树脂在不同离子型态时，膨胀率也会发生变化。这样就会因为树脂的反复膨胀、收缩而使树脂颗粒易于破碎。
树脂在使用一段时间后，要进行再生处理，即用化学药品使离子交换反应以相反方向进行，使树脂的官能基团回复原来状态，以供再次使用。如阳离子树脂是用强酸进行再生处理，此时树脂放出被吸附的阳离子，再与H+结合而恢复原来的组成。
有机污垢是树脂污垢和降解常见和昂贵的形式。通常，在井水中仅发现低含量的有机物质。然而，地表水可含有数百万分之一的天然和人造有机物质。天然有机物来自腐烂的植被。它们本质上是芳香族和酸性的，并且可以复合重金属，例如铁。这些污染物包括单宁，单宁酸，腐殖酸和富里酸。
如果再生温度太低，则在强碱阴离子树脂中可能发生二氧化硅结垢，或者如果来自用于再生弱碱单元的SBA单元的废水含有过多的二氧化硅，则在弱碱树脂中发生二氧化硅结垢。在低pH水平下，二氧化硅的聚合可以在弱碱树脂中发生。在耗尽的强碱阴离子树脂中也可能存在问题。通过在温（120°F）苛性钠中长时间浸泡除去二氧化硅污垢。
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