机械式冷藏集装箱也有一些缺点：如设备复杂、初始投资大、维修费用高；箱内温度梯度要大于液氮冷藏集装箱；箱内需设风机、风道系统，会增加箱内货物的干耗、脱水。
冷藏集装箱的使用要求：
冷藏箱装货后应检查冷藏或冷冻货的原有质量，并在货单上加以说明。
在装箱过程中，应严格装货堆码原则，避免冷风短路造成降温不平衡，降冷装置的制冷效率。
随着现代化集装箱码头在世界各地的新建和集装箱码头基础设施和设备的不断完善，门到门的冷藏集装箱运输为食品冷链运营提供广阔的发展空间。因为满载食品、水果或者果汁的冷藏集装箱可以直接从农场、果园或者加工厂开到超级市场仓库或者配送中心，而拥有自足或者电力供应系统的冷藏集装箱本身也是冷藏食品的临时仓库，在远洋货轮、火车、驳船或者卡车上远途运输，尤其是现代化集装箱船可以把大批水果冷藏箱从拉丁美洲，长途跋涉地运到远东，中东、北美和欧洲等地区。
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