鸽粪在发酵处理过程中，伴随着微生物的大量快速繁殖和一系列复杂的生化反应过程，微生物在繁殖过程中会产生大量的代谢物质（如酶、激素、抗生素，这些物质是生物体本身自然所产生的，不是外来的化学激素抗生素，只有好处而无任何毒副作用），其中激素可刺激作物快速生长发育；而抗生素则能明显抑制土传病菌的传播，提高作物抗病、抗逆性能。
一般情况下，鸽子粪需要经过发酵后再使用，不能晒千后直接使用，因为鸽子粪在土壤中发酵会产生大量的热量，导致植物烧根。如果想要直接使用，应当和作物的根系保持一定的距离。对蔬菜施肥，先挖一个深坑，然后用三明治法覆盖土壤。对果树施肥，先在果树周围挖环状浅沟，深0.1m，再将鸽子粪施入沟中，覆土。
鸽子粪是一种极为的有机肥料，它不仅富含大量的氮、磷、钾等营养成分，而且还含有多种微量元素和有益菌群，对植物的生长发育有着显著的促进作用。但是，鸽子粪的直接使用会存在气味难闻、含水量高、营养不均衡等问题，因此，将其进行发酵处理，可以大大提高其肥效和利用率。
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