作为甜味剂：异麦芽酮糖因其甜度适中、口感，被广泛应用于糖果、饮料、糕点等食品中，可以单使用或与蔗糖混合使用。
遮蔽异味：异麦芽酮糖对DHA的鱼油味、蔬果汁的异味和豆奶的豆腥味等有很好的掩盖效果。
稳定剂：在酸性食品中，异麦芽酮糖比蔗糖更稳定，能保持产品的甜味和渗透压。
在农业领域，异麦芽酮糖可能不是直接应用的物质。然而，其作为一种天然存在的糖类，可能在某些农业生物技术或植物生理研究中作为研究材料或培养基成分使用。
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