货物在运输时要冷藏，那么在冷藏时要注意货物的保鲜，尤其是出口冷藏要特别注意。大多数货主在出口冷藏（冻）货物装箱时，喜欢将集装箱预冷至设定温度，这种做法其实是不科学的，对货物和集装箱都有可能带来负面影响，从而不能的集装箱冷藏（冻）运输。原因是，如果装货前预冷过集装箱，那么在打开柜门准备装货时，外界高温度、高湿度的空气将会大量地进入柜内与低湿度、低温度的空气汇合，这会使得大量的水珠凝结在集装箱内壁上，这些水珠不仅会滴到货物的外包装上从而影响外包装的美观，而且会影响集装箱制冷系统的运作，从而有可能对货物品质带来不利影响。因为这些冷凝出来的水份由集装箱制冷系统中的蒸发器来排除，而这些冷凝出来的水份经过蒸发器盘管时就会结冰、这将使得制冷系统进行一次短暂的除霜过程。另一方面，蒸发器还除去以下三部分热量：装货时通过柜门而直接进入柜内的热量；穿过柜壁而透进柜内的热量；鲜货活货因新陈代谢而不断产生的热量。可以想象，如果冷藏集装箱需要除去额外热量和湿度越多，那么主要应用来冷却货物本身的制冷量就会越少。因此，出口冷藏（冻）货物装箱时好不要预冷集装箱。当然，在预冷的集装箱温度与冷库温度相同，并且在冷库与集装箱之间有一条隔热通道的情况下是可以在装货前预冷集装箱的。
在影响货运质量的情况发生时，未能有效管理动力设备和确定并消除制冷系统的问题，是导致货损实际发生的一个重要因素。因此，在装运冷藏货物时，船员了解冷藏集装箱的管理规范，并富有监测经验和技术是非常重要的。
由于冷藏货物的贸易性质，特别是易腐货物，承运人通常面临着按照装运时货物状况及时交付货物的压力非常大。实际操作过程中经常会有短时间迟延，在运输诸如葡萄或香蕉之类的货物时，即使是很短暂的迟延，也可能对货物质量产生重大影响，并导致大额索赔。承运人对此应特别注意。
各航运公会为了垄断各自航线上的集装箱运输，都分别制订了供货方使用的集装箱运输规则。这些规则，是由各公会针对公会营运范围内的航线情况制订的。因此，各公会的规则内容各不相同，但基本精神是相同的，即船货双方的责任是一样的。规则内容一般包括以下几个方面：
（1）集装箱装卸港，集散运输。
（2）集装箱运输术语解释。
（3）各种运输交接方式船货双方责任。
（4）订舱手续及货运资料申报。
（5）各类条款包括提单，加批条款，港口条款和意外条款。
（6）提单签发。
（7）设备交接手续，使用免费时间和滞期费计收。
（8）交货手续。
（9）运费计算方法及支付。
（10）各种费用项目计收办法，费率变更规定。
（11）币制，贬值，增值规定。
（12）内陆运输规定及收费
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