可以说复合碘是一种比较好的杀菌剂，具有杀菌速度快、杀菌广谱、水体环境适用度宽等特点。所以，复合碘在虾蟹养殖中是除了生石灰、二氧化氯、漂白粉、聚维酮碘之外的另外一个具有很好杀菌效果的碘制剂杀菌剂。
我们按照正常剂量进行使用，一般经过2-3天就可以进行培菌肥水了。因为碘制剂在水体中一方面经过杀菌而消耗掉，另外一部分因为受到光照而挥发掉。这个时间大概需要2-3天。所以，在使用了复合碘后好就是过2-3天再进行培菌肥水。
复合碘是很好的浸泡消毒药[消毒药，中药名。]品，主要是作为消毒剂使用，复合碘可以浸泡鱼卵，给器具消毒，很多时候都可以使用复合碘，因为复合碘中含有的碘元素活性很强，对细菌、病毒、霉菌、原生动物、芽孢、孢子虫、线虫均有抑制和杀灭的作用。
复合碘还可以使用在无鳞鱼[无鳞鱼是指天生无鳞和鱼鳞很小的鱼种，并不是单指一点鱼鳞都没有的鱼。]身上，由于无鳞鱼对许多消毒药具有很强的敏感性，比如江团、斑点叉尾鮰等，因此要使用比较温和的药物。
复合碘水产消毒时间
一般在第二次杀虫后的第二天，用复合碘溶液对整个塘口进行消毒，好的消毒时间是在阳光明媚的早晨，另外使用鳃腐康预防塘口出现烂鳃病
表面活性剂分为离子型表面活性剂（包括阳离子表面活性剂与阴离子表面活性剂）、非离子型表面活性剂、两性表面活性剂、复配表面活性剂、其他表面活性剂等。
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