笔迹鉴定机构需要对检材和样本的字迹进行比较分析，对检材与样本字迹反映出的笔记特征的异同情况、变化范围、变化程度、变化形成原因等逐一分析比对。一般的比较方法有：直接目测比较、现为观察比较、用测量工具或软件进行测量比较、重合比较、运用统计学原理和方法进行异同情况的统计分析。
笔迹鉴定的目的是为侦查和诉讼审判工作服务的。一方面，文检技术是刑事技术的重要组成部分，是公安、检察机关的侦查手段之一，通过对文件物证的检验鉴定，可为侦查工作指明方向或证实犯罪；另一方面，文检技术也是司法鉴定的一项重要内容，其鉴定结论也是证明案件事实的重要诉讼证据。
笔迹鉴定是多种学科知识和研究成果的产物。由于文件物证种类繁多、形式各异，实践中需要解决的问题又十分复杂，这就决定了文件检验的基础科学知识相当广泛，涉及到哲学、文字学、语言学、心理学、生理学、物理学、数学、化学等社会科学、自然科学和技术科学的各个领域。离开上述科学知识和方法，文检工作就无法开展，同时各个学科的发展、相互渗透与综合又为文件检验技术开辟了更加广阔的前景。
笔迹鉴定的文件物证与一般书证不同，它是以文件物质属性证明案件事实的各种书面材料，文件的物质属性主要包括文件的存在方式、文件的外部形态以及文件的特征特性等。而书证是以其所记载的内容证明案件事实的，作为书证的文件使用时一般不需要检验，只须对其内容进行调查研究，确定其内容是否真实可靠。
笔迹鉴定需要综合评断，对检材笔迹与样本笔迹的相同特征与不同特征的价值进行科学分析，确定两者符合点与差异点的总和及其性质，并进而做出静定结论。非本质差异说明检材笔迹与样本笔迹不同特征数量与质量所占的比例较小，本质差异表明两者不同特征的数量、质量比例大。前者一般说明两者为不同人书写习惯体系的反映。
笔迹鉴定鉴定仅仅凭借肉眼与经验识别，也存在困难并很难形成说服力，尤其是在拍卖现场或研讨会上;现在行业内都通过辅助性的便携式视频显微镜来进行现场，在显微镜下一目了然，有经验的字画爱好者，根据这些信息，就可判断字画是否为真迹。
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