生物菌肥的应用范围广泛，可以用于农田、果园、花卉、蔬菜等各类植物的生产中。它能够改善土壤质量，提高作物产量和品质，降低化肥使用量，减少农业对环境的负面影响。同时，生物菌肥还可以用于土壤修复和废弃物处理等领域，具有很高的应用前景和市场潜力。
微生物代谢物有直接杀菌的作用且进入土壤会在根际定殖，抢占生态位点让线虫及真无法侵染。有益微生物进入土壤会在根系周围产生大量粘多糖与植物分泌的粘液及矿物胶体、有机交替相结合，形成土壤团粒结构，提高土壤蓄肥、保水能。
本品含有的微量元素能有效调节叶面气孔开闭及水分蒸腾，增强作物抗旱、抗干热风、抗寒及抗低温的能力，对旱作农业具有重要意义。 生物菌能固氮并活化土壤中沉积的磷和钾，提高肥料利用率，调控养分释放，并且在其他元素供应过量时，有抑制供给的特点。 生物菌在植物根系周围形成保护屏障，抑制、和生理害的发生。
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