目前来看，高新技术服务费有两种主要模式 一、固定金额 即：双方就认定代办一事谈定一个固定的价格和确切的支付条件以及支付时间。使用这种支付方式的一般为老牌的正规机构。 二、比例提佣 即：企业通过认定，拿到相关补贴后。机构按照比例抽取一定的。至于比例，由双方商定。实用此类支付方式的，一般为近几年新成立的机构。因近年高企补贴大幅度提升。催生的新的机构和新的收费模式。
健全内部控制制度 确保研究开发费用核算归集的真实、准确。企业应按月对包括直接研究开发活动和可以计入的间接研究开发活动所发生的费用进行归集，并填写企业年度研究开发费用结构明细表。对研究开发部门的各项费用建立账册，进行单核算。具体来讲应建立如下控制制度 。
其实是高企审核的核心，不仅仅关系到了量化打分。更关乎到了研发费的审计和高新技术产品销售收入的审计，这一点后面再说。 先说其中跟有隐含关系的一点，那就是科研成果。 所谓科研成果，其方式有两种： 1、一句话概括科研工作结束后得到的技术点也就是所谓的技术诀窍； 2、知识产权（、软著，申请知识产权自然就包含了技术点）。 这两者的区别在于：证书是科研成果在技术指标和认可度上的佳，根正苗红。而技术诀窍，虽然包含了技术点，但隐含了意思就很简单，这虽然是一个技术点，但是还没达到申请的级别。 在目前国内相对宽松的审核制度下，如果连实用新型都无法申请的技术点，其技术含量和被认可的程度可想而知。评审自然也清楚这一点。所以，在没有下的科技成果更容易被否。为了提高科技成果转化的被认可度，科技成果转化的核心部分：科技成果的材料用证书而不是所谓的技术诀窍，显得更为有利。而高企一般情况下审核的是企业年的材料。 由此计算：每年不低于5个科技成果转化，即15-18个，相对是保险的。 所以，如果从知识产权得分的细则深入研究会发现，的数量越多，得分高的可能性越大。根据企业所属领域并不一定都要一味追求发明，特别是对于配方类的发明其技术含量未必比实用新型高，只是因为配方和方式方法只能申请发明罢了。
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