由于传热温差不同，在相同的室外环境条件下，风冷式冷水机运行的冷凝温度要比水冷式的高，因此在制冷量一样的情况下，风冷式冷水机组的耗电量会更高一些。从能效上来说，通常水冷式机组要比风冷式机组的制冷量要高出300~500 Kcal/h。风冷式冷水机组避免了水质过差地区造成冷凝器结垢、水管堵塞的问题，并节约了水资源。但其使用的翅片式冷凝器的换热效率受灰垢积聚的影响较大，散热翅片管前须设置滤尘栅网，并且需要定期清洗。
风冷式冷水机的噪音主要来自于压缩机、循环水泵和风机这几个部件，其中风机的噪音是主要的，常规的小型风冷式冷水机的噪音还是比较小的，一般在65dB(A)左右，可以在普通的室内环境下使用，如果是在有静音要求的地方比如实验室使用，则需要考虑冷水机组的降噪问题。超过20HP的风冷式冷水机组，建议安装在距离人员工作环境略远的室外环境比较合适。
风冷式冷水机组在使用和后期维护中可能需要补充一定量的循环水，所以安装位置应当考虑有自动补水的水源，以及设备检修时可以方便地将循环水排出；如果风冷式冷水机采用的是手动补水的方式，则只需考虑设备的排水问题就可以了。应当尽量减少风冷式冷水机与被控温设备的距离，这样的好处是可以减少冷冻水在管路中的压降和冷量损失，而且机组没有远程控制功能时方便操作设备。
对冷水机组进行必要的验收试验，应按照先气密性试验、后真空试验，先分项试验、后整机试验的原则进行。除检查冷水机组的技术性能外，还要注意保护好机组整洁的外观和工作现场的清洁卫生。在风冷式冷水机运行6个月时，要清洗整个系统，比如管道、过滤器、冷凝器、风机等，特别是风机，和我们常用的风扇一样，布满灰尘影响散热，因此制冷效率会直接降低。
温控表失控，更换温控表 高压故障 散热不良，散热器过脏，清洗散热器 能风不好，改善通风条件 散热风机不工作，检查风机马达是否烧坏短路维修或更换电机马达 高压擎损坏，更换高压擎。根据风冷式冷水机正面的高、低压压力表值来判断。冷水机正常运行时，高压在11-17kg，低压在3-5kg为正常范围。停机状态时，高压低压都在0.6kg左右。
在购买风冷式冷水机之后，应该安全操作规程，的人员进行操作，并进行培训。操作人员每天上班之前或之后，要对风冷式冷水机进行清理，包括机身是否有灰尘或其他杂物，尤其是风机的清理，要确保干净无灰尘，才能确保冷水机的散热效果。应该在环境温度低、场地平整的地方使用，使用环境不要潮湿，也不可在粉尘较大的地方使用，周围空气不要有腐蚀性，或者是有危险化学物品的地方。
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