牛乳中蛋白质含量为2.8%~3.3%，主要由79.6%的酪蛋白、11.5%的乳清（白）蛋白和3.3%的乳球蛋白组成，另有少量的其他蛋白质，如球蛋白和酶等。凡20℃下于pH4.6沉淀的牛乳蛋白被称为酪蛋白。酪蛋白是一种耐热蛋白质，但可在酸性条件下沉淀，酸奶和奶酪即是以这个原理制成的。在乳中酪蛋白与钙、磷结合，形成酪蛋白胶粒，并以胶体悬浮液的状态存在于牛乳中。乳清蛋白对热不稳定，加热时发生凝固并沉淀。牛乳蛋白质消化吸收率为87%~89%，生物学价值为85，属蛋白质。
乳中还有大量的生理活性物质，其中较为重要的有乳铁蛋白、球蛋白、生物活性肽、共轭亚油酸、酪酸、激素、生长因子和多种活性肽类等。生物活性肽是乳蛋白质在消化过程中经蛋白酶水解产生的，包括镇静肽、抗高血压肽、调节肽和抗菌肽。牛乳中乳铁蛋白的含量为20~200ug/mL，具有调节铁代谢、促生长和抗氧化等作用，经蛋白酶水解形成的肽片段具有一定的调节作用。
钙质对塑造健康的骨骼和牙齿十分关键，尤其是在青少年时期骨骼处于快速生长阶段，此外钙质也有利于心脏、肌肉和神经功能。只是PCRM认为，每天饮用3杯低脂或脱脂牛奶(推荐的)，不能确保你摄入每天需要的钙量。身体吸收的钙取决于许多因素，包括你的基因，你摄入维生素D的量，你的运动量，以及其他与饮食相关的因素，比如动物蛋白、钠、咖啡因会阻碍钙的吸收。
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