专项审计报告是指注册会计师根据中国注册会计师审计准则的规定，在实施审计工作的基础上对被审计单位的某一项目款项的财务报表发表审计意见的书面文件。
专项审计报告应包括以下主要内容：
一．说明部分
1．说明委托方名称（被审计企业名称）及委托目的（审计目的）；
2．说明会计责任、审计责任、审计依据。
基金项目合同及相关规定
1．项目申报时间、项目名称、合同签订时间、立项代码、取得创新基金资助金额及资助方式。
2．项目投资总额。
3．创新基金用途。
4．项目合同规定的各项经济指标情况。
合同执行期间项目各项经济指标完成情况
1．资金到位情况
2．资金支出情况
3．项目各项经济指标完成情况
（1）项目实现销售收入情况（按年度分列）
（2）项目成本情况
（3）项目缴纳税金情况
（4）项目应承担的期间费用
（5）项目实现利润
改制审计 ：各类全民所有制或个体所有制企业改变其所有权性质，包括该企业投资认定、损失认定、财务状况的认定情况等出具审计报告，提供有关财政、工商、企业主管部门使用。
贷款审计 ：各类企业是否具备银行要求的贷款条件，需对其财务报表（资产负债表、利润表、现金流量表）中的资金使用，财务的管理、经营效益等财务状况出具审计报告。
公司财务报表审计主要审查哪些内容
1、资产负债表审计
审查内容有∶
（1）检查资产负债表是否按照会计制度规定的科目及格式编制，复算报表各项之间的钩稽关系。
（2）将本期资产负债表各项目数字与期或各期相比，查明有无变动较大或异常情况;同时，检查资产负债表与其他报表的钩稽关系，并进行复算核对。
（3）全面核对资产负债表项目与总帐科目或有关明细帐数字是否相符，以总帐的本期发生额及余额与其所属明细账各分类科目的本期发生额及余额之和相核对，检查帐与帐之间的记录是否相符。
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