经过内审和管理评审，组织如果确认其环境管理体系基本符合ISO14001标准要求，对组织适用性较好，且运行充分、有效，可向已获得中国环境管理体系认证机构认可认可有认证资格的认证机构提出认证申请并签定认证合同，进入ISO14001环境管理体系认证审核阶段。
为接受认证机构的认证审核，组织应做好充分准备，保持体系有效运行。认证机构会派出审核组，审核组将对组织实施认证审核。认证审核包括阶段审核和第二阶段现场审核。在组织完成第二阶段现场审核开具的不符合纠正并经过审核组验证关闭后，机构经过认证评定，将确定是否批准组织的认证注册和颁发认证证书。认证证书有效期三年，三年内，组织要多次接受机构的监督审核；三年后，组织要申请复审，重新注册获得证书，此过程同次认证取证。
ISO14001是环境管理体系认证的代号。ISO14001系列标准是由国际标准化组织制订的环境管理体系标准。是针对全球性的环境污染和生态情况越来越严重，臭氧层问题、全球气候变暖、生物多样性的消失等重大环境问题威胁着人类未来的生存和发展，顺应国际环境保护的发展，依据国际经济贸易发展的需要而制定的 。
ISO14001是国际标准化组织（ISO）第207技术（TC207）从1993年开始制定的一系列环境管理国际标准，它包括了环境管理体系（EMS）、环境管理体系审核（EA）、环境标志（EL）生命周期评价（LCA）、环境绩效评价（EPE）、术语和定义（T&D）等国际环境管理领域的研究与实践的焦点问题，向各国及各类组织提供统一、一致的环境管理体系、产品的国际标准和严格、规范的审核认证办法。 环境管理体系是管理体系的组成部分，包括制定、实施、实现、评审、和维持环境方针所需的组织结构、策划、活动、职责、操作惯例、程序、过程和资源。
IS014001环境管理体系标准是一个话用于任何组织的标准，由干行业之间,组织之间具体情况的差是,使许多组织不能理解标准的这一特点、标准的这一广泛活用件正反映了该标准是一个基本标准，是一个管理的框架。每个组织要理解标准的精要，才能在此基础上实施标准。
在实际操作中，实施ISO14001环境管理体系认证也有许多具体的步骤和方法。，企业需要了解并分析自身的环境因素，找出需要控制和改进的地方。其次，企业需要制定详细的环境管理计划和实施方案，明确责任和分工再次，企业需要定期进行环保检查和评估，确保环境管理体系的有效运行。后，企业还需要与认证机构合作，按照审核标准进行自查和整改，以达到认证要求。
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