在招标活动后的中标阶段，中标方与招标方除了签订中标合同以外，常常还会签订其他与中标合同相关的补充协议。这些协议通常可以分为两类，其中一类协议虽然对原中标合同中的某些未尽事宜进行了简单的补充与说明，但同时也会订立一些与原合同条款相冲突或背离的内容，这样显然会影响到中标结果的公平性。另一类是对原中标合同中约定的价格、付款进度、工期等条款进行直接更改，会影响建设项目的完工情况与进度。因此，审计人员在对中标签约阶段进行审计时，应审查定标程序及方法是否满足合法合规性。还应着重观察中标方履行合同时的行为，分析、判断是否符合中标合同中签订的条款，是否存在中标合同以外的其他违规签订的协议。
投标方中标之后，有些中标方会做出“中标、结算”的行为。因为它们虽以较格获得了项目的承建资格，但往往以牺牲利润为代价。因此，在获得中标资格以后，他们为了从这个项目建设中得到更多的利益，于是将工程项目违法转分包给不具有承建资格的其他建设单位，从而向建设单位收取一定的管理费。对于此种情况，审计人员在对建设项目的签约阶段进行审计时，应通过对终中标方的往来项目或建设项目现场施工人员身份进行检查与核实来判断中标方是否有转分包等违法行为。
在进行招投标审计时，审计人员常采用的审计评价体系一般包含内容较不全面，并且评价体系中所含定量指标较少，于是就会产生随意性较大、主观判断过多等缺点，在很大程度上会影响到评价结果的公正性。这是因为参与招投标审计工作的大多数审计人员的多复合度不强且他们的胜任能力也不高。他们之间很少有人能综合运用工程、财务、法律等多方面的知识从多角度来思考构建招投标审计的评价体系，从而导致现有评价体系不能科学、全面地对招投标活动进行评价，严重制约着招投标审计的质量与发展。所以审计人员在提升自身素养的同时，还要不断完善招投标审计评价体系，增加定量指标，减少定性指标，使审计结果更加客观，公正。
审计人员在对招投标项目进行审计的过程中，有时对招投标审计的职能认识与定位不清楚，对招投标审计的责权不明晰。所以，常会出现审计人员参与到建设项目的管理决策过程中的情况，产生审计管理越位与错位现象。因此，审计人员在对招投标项目审计之前给自己的工作做好定位，清楚自己的工作职责，将自己的行为规范在职责范围内。
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