冷藏集装箱的货物检查，在装箱之前应对冷藏水果和蔬菜的温度以及冷冻货物的中心温度进行检测。还应检查水果和蔬菜是否存在比如发霉、枯萎、脱水、萎蔫、褪色、软点、破皮和脱皮、擦伤、和发臭等冷藏前的损坏。对于冷冻货物还应检查其是否有脱水、干燥、移位、发臭、黑斑和颜色改变，以及是否有因温度升高解冻后又重新冷冻的迹象。还应检查纸箱、托盘和其他包装物状况是否良好，是否能够在整个海运过程中保护货物状况。
冷藏集装箱应注意温度读数的增加不会立即对货物的实际温度产生影响，也并不意味着制冷装置处于不稳定状态。电子数据记录除了温度以外，通常还会显示除霜间隔和持续时间。如果装货温度超过了设定温度，冷藏装置将会开始自动的将货物温度降至符合要求的温度水平。如果货物已经解冻，冷藏装置将会尝试降低货物温度但会持续频繁进行除霜。
冷藏集装箱在制冷过程中经常会出现一些故障，导致这些故障的原因很多，比如如果冷藏集装箱正在运行的时候，发现设定的温度和人工在实测的温度相同，但是冷藏箱温度记录表盘显示的温度和前者相差很大，表明温度感温探头坏了。还有其他故障的原因，但是不管是什么原因都要做好检查和维修的准备。
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