冷藏集装箱的货物检查，在装箱之前应对冷藏水果和蔬菜的温度以及冷冻货物的中心温度进行检测。还应检查水果和蔬菜是否存在比如发霉、枯萎、脱水、萎蔫、褪色、软点、破皮和脱皮、擦伤、和发臭等冷藏前的损坏。对于冷冻货物还应检查其是否有脱水、干燥、移位、发臭、黑斑和颜色改变，以及是否有因温度升高解冻后又重新冷冻的迹象。还应检查纸箱、托盘和其他包装物状况是否良好，是否能够在整个海运过程中保护货物状况。
在冷藏装置的操作期间，蒸发器盘管上会形成冰层，这取决于设定温度，货物温度，通风装置新鲜空气的数量以及货物的湿度等。制冷装置会定期进入除霜状态，由一系列的电加热装置产生热量或者向蒸发器盘管吹入热气。所有的风扇在此时会停止转动以防热气进入货舱。然而， 由于回风温度感应器位置接近制冷装置，此种温度升高可能会被记录下来。因此，除非经数据记录软件处理，否则温度记录将会呈现与除霜间隔时间一致的周期性温度升高。如果除霜期间短暂，每小时的温度读数和除霜期间可能会有一定出入。
冷藏集装箱除了货物的设定值和送风、回风温度外，温度控制系统还会以错误代码的形式提供有关系统问题的详细信息。货物温度可通过美国农业部（USDA）探测仪记录，安装该探测仪是为了符合美国农业部针对水果的运输的冷藏处理程序。托运人放置于所载货物中的数据记录仪也会记录大体温度。当冷藏装置失灵时，温度显示和数据记录将会展示一个逐渐稳定的温度上升直至终达到周围环境温度值过程。再次强调，感应器只会记录空气温度，而非货物温度。货物将会受到周围绝热材料一定的保护，防止受到外部空气温度的影响。
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