堆肥发酵反应器是一种集原料收集、存贮及发酵功能为一体的好氧发酵装置，适用于对环境要求较高的养殖场、园林废弃物处理厂、厨余垃圾处理厂、城市污泥及垃圾处理厂、豆粕、木薯渣及米糠等好氧发酵饲料加工厂等对畜禽粪便、厨余垃圾、生活污泥等进行高温好氧发酵。结构紧凑，占地面积小，无需建设厂房，自动化程度高，节能环保。原料发酵后的成品从下方的出料口卸出，用做农业肥料、土壤改良、园林绿化等。
目前，国内现有的一些畜禽粪便发酵技术普遍存在着发酵，远距离运输，集中处理高成本的问题。同时因为发酵工艺落后，占地面积大，发酵过程中因发酵工艺落后造成地下水的污染和因发酵不全产生的气味，使蚊蝇滋生对周围环境产生严重影响。同时发酵生产受气候影响严重，雨雪天无常工作，冬季因低温导致设备无法处理粪便的现象。发酵时间普遍长达1-2个月，耗费工作人员数量多。
菌肥的使用方法：
1. 施用量：一般情况下，每亩土地使用菌肥的量为10-15公斤。
2. 施用时间：菌肥可与基肥一同施用，也可作为追肥使用。一般在种植前2-3周施用，或者在植物生长期间按需追肥。
3. 施用方式：菌肥可直接撒在土壤表面，然后轻轻耕入土中，也可与底肥或追肥混合使用。
需要注意的是，菌肥的保存要避免阳光直射和高温环境，尽量保存在阴凉干燥处。 此外，在施用菌肥时，应避免与农药等化学物质混用，以免发生不良反应。
微生物代谢物有直接杀菌的作用且进入土壤会在根际定殖，抢占生态位点让线虫及真无法侵染。有益微生物进入土壤会在根系周围产生大量粘多糖与植物分泌的粘液及矿物胶体、有机交替相结合，形成土壤团粒结构，提高土壤蓄肥、保水能。
微生物菌的用量，目的是为了防治根结线虫及其它病害，微生物用量加大了，可大大减少其它药剂的用量，还可以改良土壤，为作物提供好的微生态环境，促进生根，增强作物长势，提质增产。中草药制剂青枯立克具有结合的，含有的小檗碱、皂苷素类物质可以直接杀死病原菌，含有的多糖、多肽等高能量物质可以为其补充营养物质，增强作物抗逆性，防病治病的同时，营养复壮作物，标本兼治。
菌肥提高果实内在品质，农产品糖度、蛋白质、纤维素、胡萝卜素、钙、锌等营养成分均有大幅提高，表现为果实口感好，脆甜可口，畸果少，耐储运；表观品质提高，果实齐整，个大，果品上色好，表面硬度高，表光好；提前成熟，果实增重增产显著。
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