改制资产评估面临的难点主要包括：
一、长期投资隐匿：大额长期投资常因种种原因未在账面明确反映，需评估人员深入调查，揭示并纳入评估范围。如某企业虽账面无显示，但实际控股的房地产公司盈利丰厚，经多方沟通与政策阐释，终确认并评估了该资产。
二、自然资源估值难：如水产养殖企业的天然池塘，虽自然形成但价值显著，常因不符合固定资产标准而账面无体现。需通过社会调查、市场调研及政策依据，合理评估其价值。
三、无形资产识别与评估：企业内生的无形资产(如特许经营权、许可证等)常未计入会计账簿，评估时需细致调查，确保全面评估，避免遗漏导致资产低估。
四、树木花卉资产遗漏：企业日常费用中列支的苗木花卉培育成本，随时间累积形成可观资产，易被忽略。需评估人员细致核查，确保此类资产得到合理评估，防止资产流失。
五、核销财产再利用：企业为适应市场变化频繁调整产品线，部分已核销或报损但仍具使用价值的资产(如机器设备、办公用品等)需重新评估其价值，并考虑其潜在生产力，经主管部门同意后纳入评估范围。
企业并购形式多样，目的各异。依范围分，有整体并购与部分并购之别。整体并购，即资产与产权的整体转让，旨在迅速资本集中，增强企业实力，扩大规模，提升市场竞争力，加速资金资源汇聚，提升规模效应。而部分并购，则将资产产权分割交易，形式多样：可购实物资产，可交易等额产权份额，亦可转让经营权（如营销权、商标权、专利权）。并购目的直接决定评估目的，关键在于并购内涵。整体与部分并购、不同资产属性、并购后使用与否，均影响评估目的与价值类型选择。
鉴于企业在运营中构建了复杂的债权债务网，改制前制定详尽方案，对资产进行全面评估与分析，是法律要求的必要步骤。此评估不仅关乎企业价值的核定，更是资产重组、兼并及债务处理的基础。明确的资产价值判断，有助于实现有效处置与监督，同时界定国有产权范围与价值，保护国有资产安全。
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