因为水的换热效远远地超过气体的换率，水冷式冷水机组的能效等级风冷式冷水机组高。风冷凝器与同样换发热量的水冷式冷凝器对比，机器设备容积大，常用原材料多，制造成本较高。水冷式冷水机组即便再加上冷却系统的机器设备花费，其成本费仍旧比内冷式机组低15-20%上下。工业冷水机，此外，因为风冷式机组的机器设备为名输出功率比水冷机组的为名输出功率大，在电力工程扩容、电机控制机器设备等层面的花费也较高。
在制冷制热切换方面，风冷机组是冷媒环路通过四通阀切换流动方向。将冷凝器和蒸发器互换。夏季热量从室内传递到室外，冬季则从室外吸热到室内。而水冷机组不具备蒸发器和冷凝器互换能力，所以接冷却塔的机组没有制热的功能（需要外接锅炉）。热泵式机组要切换冷冻水和冷却水环路，在机房内要增加8个水路切换阀门。夏季冷水进屋，热水进外部盘管。冬季热水进屋，冷水进外部盘管。
风冷式机组虽然在节约用水、简化系统及节约安装空间等方面具有显著优点，但从整个空调建设工程综合考虑上，包括土建费用、冷却水和冷冻水系统费用、电控和配套管理费及运行费用等，与水冷式冷水机组相比，风冷式冷水机组还不显优势。目前，绝大部分空调工程的主机选配，还是以水冷式冷水机组为主。
在维修工业冷水机的时候停机进行操作。由于运行中的工业冷水机会产生更多的热量，在运行十分钟左右同样会停机。因此在停机的状态下进行维修检测，能够避免产生额外的高温，主要能够确保工业冷水机处于正常的运行温度范围内，即可保障工业冷水机处于正常的运行状态。 遇到各种工业冷水机的故障不需要过度慌张。利用的设备针对工业冷水机进行认真仔细的分析，能够找出导致故障的根本原因。然后根据自己的具体能力，制定适合的维修计划，在短的时间内，保障工业冷水机重新运行。
冷水机组循环冷却水处理，由于空调冷却水系统的结垢、腐蚀和藻类滋生不是在短期内形成的，也不会在短期内对系统有破坏性的影响，所以，往往得不到运行管理人员足够的重视。另外.由于空调冷却水系统比较简单，设计人员对其重视不够，并且，冷却水的处理是给排水和暖通均相关的，而冷却水系统多是由暖通人员搞，所以，难免造成先天设计不尽合理.在设计过程中针对空调冷水机冷却水系统易结垢腐蚀和菌藻滋生的特点，其处理方法也与冷冻水系统有所不同。
安装环境与位置会引起噪音问题,如果工业冷水机处于比较狭小的环境中，则噪音会被“放大”。狭小的环境会让工业冷水机的正常运行声音变大，听上去会超过正常运行的声音，建议不管是风冷机还是水冷机，一律安装在较为空阔的环境中，并且周边没有杂物异物，对环境声音有较高要求的话，可安装隔音墙，并保持通风散热。
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