笔迹鉴定的原理是书写习惯本身具有特殊性和相对的稳定性。书写习惯的特定性表现在每个书写人的书写习惯体系是特定的，与其他人都不相同，一个人书写一定的文字手稿，在其反映出的书写动作、文字布局、书面语言三方面习惯中，有一部分习惯是很多人共有的，有一部分习惯是一部分人少有的、甚至是特有的，那些共有的、少有的、特有的书写习惯便构成各人书写习惯体系，是一习惯区别于另一习惯的本质。
笔迹鉴定找正规机构，书写习惯与笔迹两者是客体与客体反映对象的关系。书写动作表现为笔迹，而书写习惯寓于书写动作之中。书写习惯只有通过笔迹才能表现出来，才能被认识和运用。因为没有笔迹就无从考察书写习惯，认识书写习惯从研究笔迹入手。笔迹鉴定就是通过分析比较检材笔迹与供鉴定人的样本笔迹，确定两者是否由同一人书写习惯体系的反映，从而根据习惯体系的异同,肯定或否认检材笔迹的书写人，为司法或动提供有力的依据。
笔迹鉴定的过程还会深入到单字或笔画单个特征的细微差别上，进行逐一比对；对于字迹繁多的检材，还会进行更为的统计分析，通过数学方法量化书写习惯的异同，辅助判断。
笔迹鉴定机构需要对检材和样本的字迹进行比较分析，对检材与样本字迹反映出的笔记特征的异同情况、变化范围、变化程度、变化形成原因等逐一分析比对。一般的比较方法有：直接目测比较、现为观察比较、用测量工具或软件进行测量比较、重合比较、运用统计学原理和方法进行异同情况的统计分析。
笔迹鉴定的文件物证与一般书证不同，它是以文件物质属性证明案件事实的各种书面材料，文件的物质属性主要包括文件的存在方式、文件的外部形态以及文件的特征特性等。而书证是以其所记载的内容证明案件事实的，作为书证的文件使用时一般不需要检验，只须对其内容进行调查研究，确定其内容是否真实可靠。
笔迹鉴定需要综合评断，对检材笔迹与样本笔迹的相同特征与不同特征的价值进行科学分析，确定两者符合点与差异点的总和及其性质，并进而做出静定结论。非本质差异说明检材笔迹与样本笔迹不同特征数量与质量所占的比例较小，本质差异表明两者不同特征的数量、质量比例大。前者一般说明两者为不同人书写习惯体系的反映。
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