只要冷藏集装箱通电，集装箱内的空气可以冷却、加热或通风。陆上运输时，为了向冷藏集装箱的制冷装置持续供电，应使用带发电机的底盘卡车进行运输。通常，冷藏集装箱由码头堆场的陆上电源、集装箱船上的船舶电源和铁路上的发电机组供电。
冷藏集装箱除了货物的设定值和送风、回风温度外，温度控制系统还会以错误代码的形式提供有关系统问题的详细信息。货物温度可通过美国农业部（USDA）探测仪记录，安装该探测仪是为了符合美国农业部针对水果的运输的冷藏处理程序。托运人放置于所载货物中的数据记录仪也会记录大体温度。当冷藏装置失灵时，温度显示和数据记录将会展示一个逐渐稳定的温度上升直至终达到周围环境温度值过程。再次强调，感应器只会记录空气温度，而非货物温度。货物将会受到周围绝热材料一定的保护，防止受到外部空气温度的影响。
这种类型的冷藏标集装箱是为了满足需要冷冻或低温保存货物的需求，一般分为内藏式和外置式两种类型，前者设有冷冻机，一些需要保鲜冷冻的蔬果或是肉类可以通过这种非标集装箱来回运输，走过千山万水，但它的造价和运营费用都令人瞠目结舌，因此随时调控箱体内温度，消耗不超额。
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