化石是保存在岩石中的古生物遗体、遗物或遗迹，常见的是骨头和贝壳等。化石的形成过程涉及生物遗体或遗迹被埋藏在地层中，随着时间的推移，遗体中的有机质分解，坚硬部分如骨骼、贝壳等与周围沉积物一起石化，形成化石
化石可以根据其保存特点分为以下几类：
实体化石：如恐龙骨骼化石。
模铸化石：生物遗体留下的印模。
遗迹化石：如恐龙脚印、粪便等。
分子化石：保存下来的生物分子。
《山海经》也有“石鱼”（即鱼化石）的记述；南朝齐梁时期陶弘景有对琥珀中古昆虫的记述；宋朝沈括对螺蚌化石和杜绾对鱼化石的起源，已有了正确认识。迄今，发现早的细菌化石为距今35亿年前的澳大利亚瓦拉翁纳群中的丝状细菌化石。
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