进行笔迹鉴定时要了解案件有关情况，明确鉴定要求，査验笔迹物证和笔迹样本；分析判断笔迹是否正常，有无伪装或由于其他原因引起的变化；选择能反映书写人书写习惯的稳定的和带有特殊意义的特征；对检材和样本中找出的特征进行比较，找出符合点和差异点；对符合点和差异点的形成原因综合评断;做出鉴定意见并制做鉴定书。
笔迹鉴定既要重视对差异点的评断，也要重视对符合点的评断，不能片面地否定一方面就盲目的肯定另一方面，即在确定差异点属于非本质的性质以后，就贸然做出肯定同一结论是不科学的。符合点也有本质的符合和非本质的符合之分，如果检材笔迹与样本笔迹相同特征的数量、质量占优势，即构成本质符合性质；如果两者相同特征在数量、质量方面占的比例小，即属于非本质性的符合。经过差异点和符合点的评断，如果检材笔迹与样品笔迹之间，出现了本质符合和非本质差异，或者本质差异与非本质符合的的结果，既可做出检材笔迹与样品笔迹是同一人书写或不是同一人书写的确切结论。
笔迹鉴定机构需要对检材和样本的字迹进行比较分析，制作《笔迹特征对比表》，对检材与样本字迹反映出的笔记特征的异同情况、变化范围、变化程度、变化形成原因等逐一分析比对。一般的比较方法有：直接目测比较、现为观察比较、用测量工具或软件进行测量比较、重合比较、运用统计学原理和方法进行异同情况的统计分析。
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