尘室设计时，要注意尽量避免可能发生的污染。设备日常运作、保养、生产过程，人员活动及其他要素是无尘室内污染并扩散的原因。因此，希望在不影响产品和生产进度的前提下，对污染进行充分的清洁。清洁程序按照不影响生产要求的洁净度前提下，制定整体的清洁方案。清洁好避开生产作业时。如果无法避开，要把影响降到低并对制定特定的清洁程序。
真空清扫是粗清扫和普通清扫常用的，一般区域和区域清扫中重要的步。真空清扫是水+拖把清扫的前提，对除去大颗粒异物，玻璃碎屑效果明显，但是并不能取代水+拖把清扫。真空清扫请务必按同一方向进行，以免造成地面及作业员周围空气乱流。真空清扫使用HEPA（滤网）、ULPA（低效滤网）及真空除尘器。如果有可吸入液体的真空吸湿器，在拖地时和拖完后，地面上剩余的水或浮游颗粒可被去除，起到干燥作用。
划分清扫表面
无尘室内所有的接触面都有被污染的可能性，所以要规定清扫的频率。根据无尘室内生产的重要度对不同的接触面进行等级划分。清扫方法根据不同的清洁度等级要求进行。为达到不同等级的清洁度要求，对清扫方法进行文件性规定。
玻璃及玻璃产品的碎屑等大的废弃物被真空吸尘器去除。吸不到的地方可以在进行擦洗前进行明确标示。地面按照规定的流程使用湿式或者药液清扫方式。清扫期间，采用纯水或是药液时，为降低污染应该频繁换水。对于大面积的地面，除了按照规定流程作业外，为方便管理将地面划分不同区域进行清扫。清扫应从区域向一般区域方向进行。在无尘室内的清扫顺序并不是一成不变的，在洁净度要求很高的时候，有时要重复使用拖把，达到地面干净。 清扫时，为了防止不经意的危险，遇到阻碍物要迂回擦拭。药液和纯水拖地之后用真空吸湿器将多余的水吸走，缩短干燥时间。对于去除地面顽固性脏污，采用水喷雾/擦洗+真空吸湿器清扫。
墙壁、门、送风口、窗、侧面
在单一方向气流的无尘室内，产品生产作业时不要清扫送风口附近区域，要在停止作业时或产品移出该区域后，再或者将产品覆盖保护之后再进行清扫。采取真空吸入的方式和特殊的地方加上拖把清扫的清洁方式。具体方法根据洁净度要求而定。非单一方向气流的无尘室内，好在没有生产作业时再进行清洁。
机械设备有很多供输管道、电线和连接部位，清扫时要注意检查管道和电线的破损情况，断开电源之后再进行清扫，防止危险的发生。机械设备有很多与产品直接接触的接触面，好进行等级划分，根据洁净度等级要求选择合适的清扫方式，并对不同等级区域进行标示，方便清扫正确进行。
a)设备的外表面跟无尘室内的洁净度是一致的。同墙壁、水平面、垂直面一起按照合适的顺序清扫。
b)设备的内表面分为设备内壁和内部设备接触面。内壁将重要的产品生产区域隔离开，内壁的清扫应该在内部设备接触面清洁之后再进行清洁。内部设备接触面的清扫除了要清洁之外还要定期保养维护。
c)与产品接触的接触面是离产品近的地方，因此有产品在时不可按照清扫顺序及流程进行，需根据洁净度要求进行，并以文件方式规定。
根据无尘室的用途，在需要的场合采用表面处理溶剂，这种处理剂，对无尘室内的产品有一定的保护作用，清洁完成后就不要再使用处理溶剂了。溶剂效果会随着时间的变化而减弱，降低无尘室的清洁度。使用这种处理剂，不能持续管理的话，就会有设备、产品污染的风险。所以使用时，要定期的对无尘室进行检查实验，确保无尘室不被污染。如果处理剂效果变弱，洁净度降低，需要马上采取改善对策。
清扫人员需要进行必要的培训。各工站有的人员进行清扫。的人员，经过培训之后负责清扫工作也是很普遍的事情。
制定清扫流程
制定清扫流程是要先将各种无尘室的接触面进行等级分类，并了解不同表面的污染速度。清扫流程根据无尘室要求的洁净度制定合适的清扫频率。对表面污染进行试验和评估之后，做成流程手册。对无尘室内的制造工程、产品要求事项、清扫频率（每日一次/每周一次或其他频率）等进行相关规定。
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