笔迹鉴定方法不科学，可能产生错误的鉴定结果。例如，薄层色谱是快速分离和定性分析微量物质的一种很重要的实验技术，意味着用该实验方法只能表明检材和样本中的印油等物质的性状相同与否，而与检材、样本的形成时间并无太大关联。这种貌似科学的鉴定方法，以及明示只要给够钱，想要什么时间就可以鉴定什么时间的承诺，都引起高度警惕。
笔迹鉴定结论属于诉讼证据种类之一，是用以证明案件事实的材料，鉴定结论是否被采信，属于法院审理范畴。由于鉴定意见是司法鉴定人对诉讼涉及的性问题的个人认识和判断，不仅受到仪器设备、鉴定方法以及实验室条件等客观因素的制约，也会受到司法鉴定人的知识水平、业务能力和实践经验等主观因素的影响。
笔迹鉴定是根据书写者笔迹的特点，如笔顺、连笔、转折、搭配比例等等，来分析判断书写者是谁。它依据的是书写者的书写动作习惯。而“笔迹形成时间鉴定”，业内称为“书写形成时间鉴定”。它不但可以鉴定出手写笔迹的产生时间，还能鉴定出打印文书的产生时间。书写时间鉴定依据的是构成文字的有色颜料，比如圆珠笔油、钢笔水、印泥、复印墨粉等等。这些有色颜料在纸张上形成文字以后，随时间的推移会发生变化。依据一定的规律，就能分析这种变化经历了多长的时间，从而推测出笔迹的产生时间。不过，只有在两段笔迹所用的纸张是同一张纸，有的甚至要求笔油种类一致的情况下，才能比对出两段笔迹产生的先后顺序。
笔迹鉴定时在日常工作生活中收集的样本我们称作为平时样本，是鉴定中利用的主要样本，更容易反映它与检材的统一关系。当然，也存在许多平时样本可比性较差的情况，那么就要求被鉴定人在鉴定人的指导下，现场书写实验样本，用以提高样本的可比性。据此，需鉴定的笔迹为复制件时，应尽量满足上述要求来提高送检的成功率。
笔迹鉴定在收集样本时，要尽可能多的收集在日常工作或个人生活往来中书写的，与检材笔迹形成时间较近、书写速度相近，且有相同字或相同部首的文字材料（如检材笔迹是签名的，收集的样本笔迹也要求是签名，且签名模式相同或相近）。
笔迹鉴定中由于检材与样本在纸张、墨水、油墨、保存环境等方面的不同都会对鉴定结果产生决定性影响，鉴定机构自备的样本不可能满足与送检检材在纸张的种类及颜色，墨水、油墨的色料及染料的主要成份，保存环境的温度、湿度等方面都相同。因此，不能使用鉴定机构的自备样本进行文件制成时间鉴定。
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