在传统农业中，畜禽粪污一直被当作“庄稼宝”作为肥料，广泛应用于农业生产中。畜禽粪便含有丰富的植物所需的营养元素和有机物质，然而动物粪便并不适于直接用作肥料，在还田前要求作一定处理，才不至于对环境造成危害。
堆肥是目前采用广泛且应用历史久的畜禽固体粪便处理方法，主要是利用多种微生物的作用，畜禽粪便中的复杂有机物进行矿质化、腐殖化，使其有机态的养分，转化为可溶性养分和腐殖质，从而成为的生态有机肥料。同时还可通过堆积时所产生的高温来杀死畜禽粪污中部分病菌、虫卵等，达到无害化处理的目的。适合家庭农场、种养业结合等小规模养殖户。该模式通过对畜禽粪便收集堆积后，定期将畜禽粪污还田，可使畜禽粪便大化的实现还田，基本不排往其他外界环境，从而达到粪污的“零排放”。
目前，以沼气工程为纽带的生态农业已越来越多的为人们所应用。沼气可直接为农户提供能源、气肥等；沼液可直接肥田、养鱼等；沼渣制作有机肥等，从而形成一个物质多层次利用的良性循环系统 。
养殖场废水处理方法可简单地归纳为物理处理法、化学处理法和生物处理法，应用的是生物处理法，即主要通过微生物的生命过程把污水中的有机物转化为新的微生物细胞以及简单形式的无机物，从而达到去除有机物的目的。
