鸽粪在发酵处理过程中，伴随着微生物的大量快速繁殖和一系列复杂的生化反应过程，微生物在繁殖过程中会产生大量的代谢物质（如酶、激素、抗生素，这些物质是生物体本身自然所产生的，不是外来的化学激素抗生素，只有好处而无任何毒副作用），其中激素可刺激作物快速生长发育；而抗生素则能明显抑制土传病菌的传播，提高作物抗病、抗逆性能。
由于一般物料生产周期仅3―7天，尽可能地避免了有机物料中的养分的流失，加上微生物的作用，把一些作物难以吸收利用的物质（如难溶的磷钾矿物质）、纤维素木质素转化成可被作物吸收利用的养分，肥效比不发酵要好得多。
鸽子粪发酵的方法
1.挑选鸽子粪选择干燥、无杂质、新鲜的鸽子粪，避免使用混有杂草、异物和腐烂鸽粪的杂质。
2.加入辅料将鸽子粪与秸秆、木屑等碳质材料按照11的比例混合，调节好碳氮比，提高发酵的效果。
3.控制水分鸽子粪发酵需要适量的水分，但过多的水分会导致发酵失败。一般来说，鸽子粪的含水量应该控制在60%左右。
4.堆积发酵将混合好的鸽子粪和碳质材料堆积在通风良好、阳光充足的地方，每隔2-3天翻动一次，促进发酵。
5.控制温度鸽子粪发酵需要在适宜的温度下进行，一般来说，温度控制在60℃以下较为适宜，过高的温度会破坏有益菌群，影响肥料的质量。
6.发酵完成鸽子粪发酵一般需要7-10天左右，发酵完成后，鸽子粪的气味会明显减轻，颜色变成深褐色，肥效也会明显提高。
